و كتيبه‌هاى بسيار زيباى خط ثلث كه مقدارى از آن‌ها به خط عليرضاى تبريزى عباسى است ، از زيبايى و ظرافت كمتر نظير دارد . اين مسجد ، كه شاهكارى از معمارى و كاشيكارى ايران در نيمهء اول قرن يازدهم هجرى است ، به فرمان شاه عباس اول ساختمان آن شروع شده و سردر زيباى آن در سال 1012 هجرى به پايان رسيده است . سال اتمام بناى مسجد و تزيينات كاشيكارى آن و نام استاد سازندهء آن در داخل محراب معرّق نفيس مسجد به خط نستعليق سفيد بر زمينهء كاشى لاجوردى به اين ترتيب ذكر شده است : عمل فقير حقير محتاج به رحمت خدا محمد رضا بن استاد حسين بناى اصفهانى 1028 دربارهء وجه تسميهء مسجد شيخ لطف اللّه بايد گفت كه شيخ لطف اللّه اصلا از مردم ميس از قراى جبل عامل يعنى جبل لبنان حاليه بوده است و خاندان او همه از فقهاى اماميه بوده‌اند ، چنان‌كه پدر و جد و جد اعلا و پسرش همه به اين عنوان اشتهار داشته‌اند . به مناسبت سعى بىاندازهء پادشاهان صفوى در ترويج احكام مذهب تشيّع و تشويق و اكرام فقهاى آن ، شيخ لطف اللّه ميسى عاملى نيز مانند جمع كثير ديگرى از علماى بحرين و جبل عامل در اوايل عمر از موطن خود به قصد ايران عازم شد و ابتدا در مشهد مقدس اقامت گزيد و در آن‌جا پس از استفاضه از محضر علماى ارض اقدس ، از جمله ملا عبد اللّه شوشترى ، از جانب شاه عباس بزرگ به خدمت آستانهء رضوى برقرار گرديد و تا تاريخ فتنه ازبكان و دست يافتن ايشان بر مشهد در آن شهر مقيم بود . سپس از شرّ ايشان به قزوين پناه جست و در آن‌جا به كار تدريس مشغول شد ، شاه عباس او را از قزوين به اصفهان آورد و در سال 1011 هجرى جنب ميدان نقش جهان مدرسه و مسجدى را كه هنوز هم به نام او شهرت دارد ، براى محل تدريس و اقامت و امامت وى پى نهاد و