فى سنة 1304 ه نفى حاكم اصفهان والده الى طهران و كان معه فى هجرته ابناه محمد على و على محمد . قد توفى والد الشيخ فى طهران فى 1312 ه فأقام محمد على فى طهران قرب 16 سنة و فى هذه المدة درس الفقه و الأصول و الفلسفة و العرفان . لكن للشيخ إلمام بعلوم آخر قد لا يتعلمها أكثر الطلاب و حتى العلماء البارزين . على سبيل المثال ان الشيخ الشاه‌آبادى أ لم بعلم الرياضيات و كان أستاذه فى الرياضيات ، آقا ميرزا عبد الرزاق خان بغاير سرتيپ « 1 » . بل كان للشيخ باع فى بعض العلوم الغريبة كالجفر « 2 » و الرمل « 3 » و الاسطرلاب « 4 » التى لا يجيدها قلة تعد بالأصابع ، حتى ان بعض من يعرف هذه العلوم كان يراجع الشاه‌آبادى إذا أشكل عليه شىء منها . هذا و كان الشاه‌آبادى يجيد اللغة الفرنسية أيضا . ثم هاجر الشيخ فى 1320 ه إلى النجف لإكمال دراسته و التعلم عند كبار الأساتذة فى العراق آنذاك و على رأسهم آية اللّه العظمى العلامة الآخوند ملا محمد كاظم الخراسانى الشهير ب « آخوند الخراسانى » . فى طريقه إلى النجف أقام سنتين فى أصفهان ثمّ ذهب إلى النجف . فى النجف كان يحضر مجلس

--> ( 1 ) . سرتيپ : كلمه فارسية ، تستعمل فى اوساط العسكرية و الجيش و تعادل كلمه « عميد » و « لواء » فى العربية . و المشار اليه من استاذه الكليه الحربية / العسكرية و من مريدى الشيخ له كتاب فى موضوع القبلة . ( 2 ) . الجفر ) erutuF eht gnillet fo trA ( : علم يبحث و فيه عن الحروف من حيث هى بناء مستقل بالدلالة و يسمى بعلم الحروف و بعلم التكسير أيضا و فائدته الاطلاع على فهم الخطاب المحمدى الذى لا يكون إلا بمعرفته علم اللسان العربى . . . و يعرف من هذا العلم حوادث العالم إلى انقراضه . قال السيد السند فى شرح المواقف فى المقصد الثانى من نوع العلم : الجفر و الجامعة كتابان لعلى كرم اللّه وجهه قد ذكر فيهما على طريقه علم الحروف الحوادث التى تحدث إلى انقراض العالم . ( 3 ) . الرمل ) ycnamoeG ( : علم اكتشفه النبى دانيال ( ع ) به‌واسطه تعليم جبرئيل له عددا من النقاط . . . و يعرف بانه علم يبحث فيه عن الأشكال الستة عشر من حيث انها كيف يستعلم منها المجهول من أحوال العالم . . . و صاحب هذا العلم يسمى رمالا . ( 4 ) . اسطرلاب ) ebalortsA ( معناه ميزان الشمس و قيل فى وجه تسميته أقوالا كثيرة . يقول فى كشف اللغات : أسطرلاب بضم الهمزة و الطاء : آلة بها يوضح الحكماء و المنجمون أسرار الفلك . . . لان فى اليونانية أسطر - ميزان و لاب - الشمس . . .