سيرى در مجموعه مصنفات حكيم مؤسس مجموعهء آثار بجامانده از آقا على مدرس طهرانى را در چهار مجلد تنظيم كرده‌ايم . جلد اول مجموعه مصنّفات حكيم مؤسّس به مفصل‌ترين اثر آقا على يعنى « تعليقات الاسفار » اختصاص يافته است . اين تعليقات در زمرهء مهمترين حواشى اسفار و حاوى برخى از درخشانترين ابتكار حكيم مؤسس است . از آنجا كه آقا على در بخش قابل توجهى از اين تعليقات ، به تحليل انتقادى حواشى حكيم متأله حاج ملاهادى سبزوارى و ملا احمد اردكانى شيرازى پرداخته است ، بعلاوه آقا على آراء ديگر اعاظم حكمت متعاليه از قبيل آقا محمد بيد آبادى ، ملا على نورى ، ملا اسماعيل اصفهانى و نيز نظرات اساتيدش ميرزا محمد حسن نورى ، ملا محمد جعفر لاهيجى لنگرودى و نيز ملا آقا قزوينى ( در مورد اخير بدون تصريح ) را مورد بحث و بررسى و انتقاد قرار داده است ، لذا اين تعليقات از ارزش بسيار بالايى برخوردار است . جلد دوم مجموعه مصنفات حكيم مؤسس شامل چهار رسالهء عربى و ده تعليقهء فلسفى آقا على مدرس طهرانى است . رسالة فى التوحيد ، رسالة سبيل الرشاد فى اثبات المعاد ، رسالة فى مباحث الحمل ، و رسالة فى الوجود الرابط مهمترين تك نگارىهاى فلسفى حكيم طهرانى ، بلكه هر يك در موضوع خود آخرين دستاورد فلسفهء اسلامى است . چهار مسئله توحيد ، معاد جسمانى ، حمل و وجود رابط از افقى تازه مورد بررسى قرار گرفته و به ويژه سه رسالهء اخير مالامال از آراء ابتكارى و بديع آقا على است . مهمترين نوآورى اين حكيم متأله دربارهء معاد جسمانى در رسالهء كم‌نظير سبيل الرشاد تشريح شده است . تعليقات الشواهد الربوبية ، تعليقات على شرح الهداية الاثيرية ، تعليقات على حواشى الهيات الشفا ، تعليقات على حواشى شرح حكمة الاشراق ، قسم اوّل تعليقات فلسفى آقا على بر كتب صدر المتألهين دربردارندهء نكته‌سنجىهاى استاد الاساتيد بر آراء مؤسس حكمت متعاليه است . تعليقات شوارق الالهام از جمله مهمترين آثار آقا على ، مجموعهء ديدگاههاى حكيم مؤسس در امور عامه و الهيات بالمعنى الاعم است . تعليقات على حواشى الفياض على شرح الاشارات ديگر تعليقات آقا على بر آثار حكيم متأله ملا عبد الرزاق فياض لاهيجى است . سومين قسم تعليقات اين مجموعه تعليقات آقا على بر