رضا قمشه‌اى بطور متفرقة حواشى نوشته است . حواشى او محققانه و عميق و مملو از تحقيقات عرفانى و فلسفى است . مرحوم آقا على حكيم بر قسمتهاى مختلف از مشكلات و عويصات شواهد تعليقات محققانه نوشته است كه در استوارى و دقت و جمع بين تحقيق و تدقيق و از حيث جذابى و سلاست نظير الشواهد الربوبية است و بر حواشى سبزوارى ترجيح دارد . حواشى حاج ملا هادى چون يكنواخت است و بر جميع مطالب كتاب نوشته شده و مطالب را منظم و مرتب در سلك تحرير درآورده است ، ترجيح داديم كه حواشى او را با اين كتاب به طبع برسانيم . حواشى و تعليقات آقا على و آقا محمد رضا را مستقلا منتشر مىنمائيم و فعلا از جهاتى امكان انتشار اين دو حواشى با تعليقات سبزوارى ميسر نمىباشد . » « 1 » ايشان در پاورقى اين مطلب ادامه داده‌اند : « اصولا مطالبى كه از آقا على مدرس باقى مانده است نفيس‌تر از آثار معاصران اوست مگر در عرفانيات كه آقا محمد رضا و آقا ميرزا هاشم بر او ترجيح دارند ، ولى در فلسفهء ملا صدرا شايد بىنظير باشد و در برخى از تحقيقات مطالب بىسابقه‌يى دارد . در تعليقات مباحث نفس اسفار و شواهد پاره‌اى از دقائق نفيس در پيرامون تحقيقات آخوند بيان فرموده است . » « 2 » استاد آشتيانى در كتاب ديگرشان مقدمه رسائل حكيم سبزوارى ( چاپ اول ) در ضمن بحث از تعليقات شواهد حكيم سبزوارى نوشته است : « آقا على حكيم متوفى 1307 ، بر اسفار و شواهد حواشى نوشته است ، حواشى او بر سفر نفس اسفار مفصل‌تر و بر قسمتهاى ديگر از اسفار مختصر مىباشد ، به اين معنى كه به موارد مخصوصى تعليقه نوشته است . تعليقات آقا على متضمن تحقيقات عاليه و مشتمل بر افكار تازه و دقيق است و اين خود در بين متأخرين از ارباب تحقيق اختصاص به شخص آقا على مدرس دارد . به عقيده نگارنده آقا على در مباحث فلسفى از حكيم سبزوارى دقيق‌تر و محقق‌تر و از حيث احاطه به مبانى حكمى وسيع‌تر و متبحرتر و از حيث استقامت فكر وجودت نظر وحدت ذهن كم‌نظير است . آقا على روى خضوع و ملايمت ذاتى كه داشته تمام افكار معاصران خود را مطالعه مىكرده است و خيلى بيشتر از حكيم سبزوارى به حوزه‌هاى تدريس حاضر

--> ( 1 و 2 ) . مقدمهء الشواهد الربوبية .