حواشى ملا احمد اردكانى و حواشى ملا رضا تبريزى چون حواشى اين دو حكيم حتى به صورت چاپ سنگى نيز منتشر نشده بخشى از اين حواشى كه در فهم تعليقه آقا على موثر است از يك سطر تا يك صفحه را در پاورقى نقل كرده‌ايم . حواشى مرحوم ملا احمد اردكانى بسيار مطول و گاهى با اطناب همراه است . گاهى براى يك تعليقه يك سطرى آقا على مجبور شده‌ايم ، حدود بيست سطر از حواشى ملا احمد را در پاورقى نقل كنيم . به‌هرحال نه عدم نقل مطلق اين حواشى صحيح بود چرا كه تعليقه آقا على بىمعنا مىشد و نه نقل همهء حاشيه ميسر ، چرا كه گاهى بيش از صد برابر اصل تعليقه بود ، لذا حد وسط را انتخاب كرديم و تنها مواضع مرتبط به تعليقه را از حواشى اين دو حكيم انتخاب و نقل كرديم . لازم به ذكر است عبارت قول السبزوارى يا قول الاردكانى يا قول التبريزى از ماست و حذف القاب تنها به جهت اختصار است و الا در متن تعليقات آقا على از اين حكماى الهى با احترام تمام ياد مىكند . هكذا عدم ذكر « قدس سره » در قوله قدس سره . 4 - ترتيب و تنظيم تعليقات آقا على براساس شماره مسلسل در كروشه [ ] . در مواردى آقا على به يك موضع اسفار چند تعليقهء متفاوت دارد . تعليقه متأخر را در متن آورديم و تعليقات متقدم را كه غالبا مختصرتر است در پاورقى ذكر كرديم و به هر دو شمارهء واحدى داديم . ضمنا عناوين سفرهاى چهارگانه ، مراحل ، فنون ، مواقف ، ابواب ، مناهج و فصول اسفار را نيز در كروشه [ ] براى دستيابى بهتر و سريعتر ، به تعليقات افزوده‌ايم . 5 - در مورد اختلاف نسخ از آنجا كه به حمد الله در اكثر تعليقات از نعمت وجود نسخ اصل - به خط خود آقا على - بهره‌مند بوديم ، ديگر نسخ براساس نسخ اصل تصحيح شد و متن مصحح ارائه شد . از اشاره به اختلاف نسخ غير اصلى با نسخ اصل جز در موارد ضرورى به واسطه بىفايدگى پرهيز كرده‌ايم . اما اختلافات احتمالى دو نسخهء اصلى را به دقت در پاورقى گزارش كرده‌ايم . اختلافات نسخ غير اصلى با يكديگر تنها در مواردى كه مغيّر معنى بوده است در پاورقى آورده‌ايم . تذكر اين نكته را لازم مىدانم كه بسيارى از اختلاف نسخ ناشى از عدم دقت و گاهى سهو طبيعى كاتب است ، اين گونه موارد اصلاح شده بدون اين‌كه در پاورقى اشاره شود . مهم ارائه متن مصحح است نه تفاخر به كثرت پاورقى اختلاف نسخ غير موثر در معنى . ضمنا حكيم موسس بواسطه توغل در معنى به صنايع لفظى كمتر عنايت داشته و سير در ملكوت