تن از مجتهدان بزرگ معاصر خويش ، حاج ميرزاحسين خليلى تهرانى و حاج شيخ عبدالله مازندرانى ، با ارسال نامه‌ها و تلگرام‌هايى براى رهبران دينى و سياسى ايران و نشر اعلاميه‌هاى روشنگرانه ، نسبت به رويدادهاى سياسى و اجتماعى موضع‌گيرى مىنمودند . آخوند و ياران همراهش به نظام مشروطه به عنوان وسيله‌اى براى تجويز ظلم مىنگريستند و شركت در جنبش مشروطيت را بر همه مسلمانان واجب مىشمردند . ايشان همچنين تقريظى بر كتاب تنبيه الامه و تنزيه المله ميرزاى نائينى نوشت و ضمن آن ، « مأخوذ بودن اصول مشروطيت را از شريعت محقه » اعلام كرد . پشتيبانى آخوند از مجلس و حكومت قانون در ايران ، به منظور برقرارى عدل و رفع ظلم از توده‌هاى مظلوم و محروم بود و نه منافع دسته‌اى خاص و معين . مراجع مشروطه‌خواه نجف اشرف به رهبرى آخوند خراسانى كه نگران كارشكنىها و مخالفت‌هاى محمدعلى شاه بودند ، انحلال مجلس را ضربه‌اى به ملت ايران مىدانستند و بر ضرورت حفظ شكل قانونى دولت و ايستادگى در برابر هر حكومتى براى تعطيلى مجلس شورا تأكيد داشتند و از اين رو در نامه‌ها و تلگرام‌هاى خود با تأكيد بر التزام به قوانين مجلس ، ضرورت پشتيبانى از آن را اعلام مىكردند . پس از روشن شدن قصد محمدعلى شاه براى انحلال مجلس ، آخوند خراسانى اندرزنامه دهگانه‌اى براى شاه فرستاد و او را به قانون‌گرايى اسلامى ، بيگانه‌گريزى و استعمارستيزى ، بسط رفاه و عدالت اجتماعى دعوت كرد . با بمباران مجلس و انحلال آن توسط شاه ، آخوند در نامه شديداللحنى به اقدام او در براندازى مشروطه حمله كرد و برخى اقدامات سرّى وى را فاش ساخت . از نظر مراجع مشروطه‌خواه نجف ، اقدام شاه در نابودى مشروطيت تنها بازگشت به استبداد نبود ، بلكه برنامه‌اى استعمارى با هدف تحكيم اراده بيگانه بر كشورهاى اسلامى به شمار مىرفت . لذا آخوند فتوايى صادر و اعلام كرد كه شاه هيچگونه حقى براى دريافت ماليات و يا امضاى هيچ قراردادى با دولت‌هاى خارجى ندارد . با آغاز قيام مردم آذربايجان به رهبرى ستارخان براى بازگرداندن نظام مشروطه ، آخوند خراسانى همراه با حاج شيخ عبدالله مازندرانى و حاج‌ميرزا حسين خليلى تهرانى ، بيانيه‌اى را عليه حكومت محمدعلى شاه صادر كردند . در بخشى از آن آمده بود : « به تمام ملت ايران ، حكم خداوند را اعلام مىكنيم . . . سعى در دفع اين سفاك جبار و دفاع از نفوس و آبروى مسلمانان ، امروز از اهم واجبات است . . . » اين تلگراف ، باعث تهييج آزاديخواهان تبريز و ساير