روح لطيف و روان دقيق وى بود سبب شد كه « حسن الخط » ( خوشنويسى ، را نيز نزد مرحوم آقا ميرزا على نقى ( از بستگان خود ) فرا گيرد . شكوفه هاى شادمانى با سپرى شدن روزگار تلخ و ناكامى طفوليت شكوفه هاى رشد و تكامل و شادمانى بر شاخسار وجود سيد محمد حسين نمايان مى شد . درهاى رحمت خداوندى يكى پس از ديگرى باز و راههاى ترقى و تكامل هموار گرديد . چرا كه وى از سال 1297 ه - . ش تا 1304 علوم بسيار و درسهاى متنوعى آموخت و در اين مدّت تمامى درسهاى مربوط به سطح را فرا گرفت . در علم صرف ، كتابهاى امثله ، صرف مير و تصريف ، در علم نحو ، كتابهاى عوامل و انموذج و صمديه و شرح سيوطى جامى و معنى و در علم معانى و بيان و بديع ، كتاب مطّول ، در علم فقه ، كتابهاى شرح لمعه و مكاسب و در علم اصول كتابهاى معالم و قوانين و رسائل و كفايه ؛ و در علم منطق رساله ى كُبرى و حاشيه ملا عبدالله و شرح شمسيه ؛ در علم فلسفه ، شرح اشارات و در علم كلام ، كشف المراد را فرا گرفت . فراگيرى اين همه علوم متنوع از اين كتابهاى دشوار و پيچيده با نبودن سرپرستانى ، مانند پدر و مادر و ديگر عوامل ، نشانه ى شور و شوق استاد و علاقه ى سرشار او به كسب معارف اسلامى بود . استاد خود از روزگار تحصيل چنين بازگو مىكند : « در اوايل تحصيل كه به صرف و نحو اشتغال داشتم علاقه زيادى به ادامه تحصيل نداشتم و از اين روى هر چه مى خواندم نمى فهميدم . چهار سال را به همين نحو گذراندم . پس از آن يكباره عنايت خدايى دامنگيرم شده ، عوضم كرد و در خود يك نوع شيفتگى و بيتابى نسب به تحصيل كمال حس نمودم ؛ به طورى كه از همان روز تا پايان تحصيل كه تقريباً هيجده سال طول كشيد هرگز نسب به تعليم و تفكّر ، درك خستگى و دلسردى نكردم و زشت و زيباى جهان را فراموش كردم . بساط معاشرت با غير اهل علم را به كلى برچيدم و در خورد و خواب و لوازم ديگر زندگى ، به حداقل ضرورى قناعت نموده ، باقى را به مطالعه مى پرداختم . بسيار مى شد - بويژه در بهار و تابستان - كه شب را تا طلوع آفتاب با مطالعه مى گذراندم و هميشه درس فردا شب را پيش مطالعه مى كردم . اگر اشكالى پيش مى آمد با هر خود كشى بود حل مى نمودم . وقتى كه به درس حضور مى يافتم از آنچه استاد مى گفت قبلًا روشن بودم ، هرگز اشكال و اشتباه درس را پيش استاد نبردم » .