سليمان بن عبدالملك ويران شده بود . در رمضان سال 886 ه . ( 1481 م ) صاعقه‌اى رخ داد ، آتش‌سوزى گسترده‌اى پديد آمد و منارهء جنوب‌شرقى مسجد فرو ريخت و همهء فضاى مسجد و هرچه در آن بود سوخت ؛ در نتيجه ، سلطان قايتباى فرمان بازسازى كامل مسجد را صادر كرد و طى آن ، دو گنبد به مسجد افزوده شد ؛ يكى بر فراز محراب عثمانى و ديگرى بالاى حجرهء مطهّر پيامبر صلى الله عليه و آله كه هر دو بر ستون‌هايى تا كف مسجد استوار بودند و طاقهايى آجرى داشتند . محراب عثمانى به بهترين شكل زيباسازى گرديد ، حجرهء مطهّر و اطراف آن ، نيز نماى ديوار قبله ، بار ديگر با سنگ مرمر آراسته شد و سرانجام در رمضان سال 888 ه . ( 1483 م ) عمليات ساختمانى به پايان رسيد . براى بازسازى مسجد و مدرسه و ديگر متعلّقات آن ، در اين مرحله ، بيش از يكصدوبيست هزاردينار هزينه شد . افزوده‌هاى سلطان قايتباى به فضاى مسجد را حدود يكصد و بيست مترمربّع شمرده‌اند . از نشانه‌هاى نمايان اين بازسازى ، برپا ساختن 305 ستون بود كه در مسجد به چشم مىآمد . مسجد در عصر عثمانى كارهاى ساختمانى شاه سليمان قانونى در مسجد نبوى ، مهم‌ترين عمليات توسعه در سرآغاز عصر عثمانى است . در اين طرح ، براى تقويت پايه‌ها ، دو ستون در دو سوى باب‌الرحمه و باب‌النساء برپا شد ، پس از ويران كردن منارهء سنجارى در شمال شرقى مسجد ، منارهء سليمانى جايگزين آن گرديد ، نماى ديوارها و ستون‌ها سفيدكارى ، و نام شاه سليمان بر سقف كنار ديوار غربى و باب‌الرحمه و باب‌النساء نقش بست ، مرمر روضهء منوّره و نماى ازارهء ديوار حجرهء شريفه پيامبر صلى الله عليه و آله بازسازى