مصر افضل علماى علوم عقليه و عربيه بود فرا گرفت . و شيخ شمس الدين عبد الحميد و شيخ شمس الدين محمد بن عبد القادر و بعض ديگر از اساتيد شهيد بوده‌اند و در كتاب امل الامل آمده است كه شهيد در مصر نزد شانزده تن از بزرگان علماى اهل سنت درس خوانده است و نيز شيخ احمد بن محمد بن خاتون عاملى و شيخ عبد الصمد جد شيخ بهائى كه از علماى شيعى بوده‌اند از اساتيد شهيد به شمار مىروند . مشايخ اجازات شهيد از علماى عامه علاوه بر آنچه در مشايخ اساتيدش گذشت بسيارى از مشايخ شام و مصر و بغداد و قسطنطنيه بود . و نيز از اكابر علماى اماميه اجازه روايتى داشته كه شرح آنها موكول به كتابهاى مفصله است . شاگردان شهيد كسانى كه از شهيد روايت كرده‌اند ، بسيارند از جملهء آنها : شيخ حسين پدر شيخ بهائى و جمع كثير ديگر كه جزء شاگردان شهيد بوده‌اند و نيز شرح حال آنها منوط به كتب مفصله است . خلاصه آنكه شهيد براى اينكه مراتب علمى خود را تكميل نمايد ، مسافرتهاى بسيارى به مصر و دمشق و حجاز و عراق و بيت المقدس و غير اينها نمود و از هر باغى گلى چيده و از هر بلبلى نوائى شنيد . و از بزرگان علماى شيعى و سنى تمامى فنون متداوله را فرا گرفت و در بعلبك به مفتى عام و مرجعيت كل نائل آمد و مذاهب پنجگانه را تدريس مىكرد . و هر فرقه را موافق مذهب خود فتوى مىداده و از شهرهاى دور حاضر حوزه علميهء او مىشدند . شيخ بهائى از پدر خود شيخ حسين كه از شاگردان شهيد بود نقل مىكند كه صبحگاهى به محضر استاد خودم شيخ شهيد رفتم او را غرق در تفكر يافتم ، و از سبب آن پرسيدم در جواب فرمود كه شب گذشته در خواب ديدم كه سيد مرتضى علم الهدى تمام علماى اماميه را دعوت كرده ، همين كه من وارد شدم به پا ايستاده و فرمود كه در نزد شهيد ( اول ) بنشين . من هم حسب الأمر سيد نزد شهيد نشسته و بعد از آن مجلس مرتب شد و همهء ميهمانها حاضر شدند من از خواب بيدار شدم . من در تعبير اين خواب تصور مىكنم كه شهيد ثانى باشم و عاقبت همان خواب رحمانى تحقق يافت . و در عهد سلطان سليم خان عثمانى در سال نهصد و شصت و شش يا در نهصد و شصت و پنج هجرى در اثر سعايت ، از طرف دشمنان اسلام ، در پنجاه و پنج يا چهار سالگى در اسلامبول و يا موافق نقل اعيان الشيعه و بعض ديگر از كتب تراجم در راه اسلامبول شهيد و سرش را به اسلامبول بردند .