عليه، ثم قتله في السجن. وبالفعل فقد تم سجن الإمام في سجن عيسى بن جعفر في البصرة أولاً، ثم في سجن الفضل بن يحيى، ثم في سجن السندي بن شاهك، ويرى بعض المؤرخين أن مجموع الفترات التي كان الإمام فيها مسجوناً بلغ أربعة عشر عاماً. في أواخر أيامه أرسل إليه هارون وزيره يحيى بن خالد البرمكي قائلا له: يقول لك ابن عمك إنه قد سبق مني يمين أن لا أخليك حتى تقر لي بالاساءة وتسألني العفوو عما سلف منك وليس عليك في إقرارك عار ولا في مسألتك إياي منقصة.. فكان رد الامام عليه: يا أبا علي قل له: يقول لك موسى بن جعفر: لن ينقضي عني يوم من البلاء إلا انقضى عنك يوم من الرخاء حتى نفضي جميعا إلى يوم ليس له انقضاء يخسر فيه المبطلون. وستعلم غدا إذا جاثيتك بين يدي الله من الظالم والمعتدي على صاحبه والسلام. توفي مسموماً في سجن السندي بن شاهك عام 183 هـ. ودفن في بغداد.