وافته المنية ، وبقي الحال على ما هو عليه حتى تقدم مصطفى بك العناني لشراء الأرض التي كان اشتراها عباس باشا ، وعمرها لنفسه وأقام عليها فنادق وخانات وبنايات لحسابه . ويقال أنه اكتشف كنزاً خلف قبة المشهد الحسيني . وفي سنة 1199 ميلادية أمر الخديوي إسماعيل باشا بتجديد الجامع وتوسعته ، وكلف على مبارك باشا برسم التصور المعماري لتجديد الجامع بحيث يتسع لاستقبال أحباء ومريدي الإمام الحسين رضي الله عنه ، وكلف الأمير راتب باشا ناظر ديوان الأوقاف المصرية أن يشرف بنفسه على تنفيذ إنشاءات الجامع الجديدة التي صممها على باشا مبارك ، وفي إطار هذا التجديد هدم كل الجامع ما عدا القبة والضريح الشريف . وبدأت الإنشاءات في سنة 1282 هجرية وانتهت في 1290 هجرية بالشكل الذي سبق وصفه ومن العناصر التي تخلفت من المشهد القديم حتى الآن : الباب المعروف باسم الباب الأخضر ، ومبني من الحجر وعلى يساره دائرة مفرغة بزخارف ، وتعلوه بقايا شرفة جميلة . كما تخلف من المنارة الأيوبية التي أنشأها فوق هذا الباب أبو القاسم السكري ، القسم الأسفل منها وهو المربع الذي يحتوى على زخارف جصية نادرة وعلى تاريخ الإنشاء . أما التابوت الخشبي فهو أيوبي الطراز ويعتبر تحفة نادرة تمثل طراز الحفر على الخشب في عصر الأيوبيين في مصر وهو محفوظ حالياً بمتحف الفن الإسلامي بالقاهرة . وهناك الحجرة التي شيدت عام 1893 ميلادية لتحتوي على الآثار النبوية ، وهي مجاورة للقبة من الجهة القبلية وتشمل من الآثار النبوية الشريفة على قطعة من قميصه الشريف ، ومكحلة ، وقطعة من العصا