شهامت به سرپرستى شيعه و تدريس علوم اسلامى پرداخت ، حتى از طرف خليفهء عباسى كرسى استادى در اختيار وى نهادند تا او كه در علم كلام و عقايد و مذاهب يگانهء عصر بود بر آن نشسته و اين علم را تدريس كند . ولى تحمل يك دانشمند بلند آوازهء شيعه ايرانى براى متعصبان وابسته به دربار خلافت عباسى گران آمد . او مانند شيخ مفيد و سيد رضى و سيد مرتضى عرب نبود كه اقلا متعصبان روى جنبه عرب بودن او و از نفوذ و مقام علمى وى در مركز خلافت عربى و حوزهء علمى دنياى تسنن حساب كنند . هر چند طبق نوشتهء ابن جوزى و ابن اثير در زمان شيخ مفيد و سيد مرتضى نيز چندين بار محله كرخ و خانه آنها در سال 408 ، 417 ، 420 ، 422 مورد هجوم متعصبان واقع شد . ولى باز آنها عرب بودند ، ولى شيخ طوسى عجم ! يعنى بازى و نزاع جاهلى كه اسلام خط بطلان بر آن كشيده و پيغمبر فرموده است : « لا فرق لعربى على العجمى و لا لعجمى على العربى الا بالتقوى . » يعنى : « عرب بر غير عرب و غير عرب بر عرب برترى ندارند مگر با پارسائى . » به هر حال شيخ طوسى در محله كرخ بغداد جائى كه شيخ سكونت داشت در عاشوراى سال 440 و ماه صفر 443 و 445 حوادث خونينى رخ داد كه طى آن گروه بسيارى به قتل رسيدند ، و بيش از آن مجروح گشتند ، و خانه‌ها و اموال شيعيان به تاراج رفت . « 40 » شيخ طوسى در تمام اين حوادث شوم مانند ساير شيعيان در محله كرخ سكونت و مانند ديگر دانشمندان شيعه با حوصله و بردبارى اين سوانح را بر خود هموار مىنمود . ولى در سال 448 سانحه دردناكترى روى داد كه به كلى شيخ را از اقامت در بغداد منصرف كرد . در سال 447 « طغرل » سلجوقى كه مردى نادان و متعصب بود ، و نسبت به شيعه كينه‌اى زايد الوصف داشت به بغداد لشكر كشيد و حكومت ال بويه و نفوذ دولت شيعى ديلمى را برانداخت ، و بر شيعيان محله كرخ سخت گرفت . تا جائى كه آنها را از گفتن « حى على خير العمل » در نماز منع كرد ، و در نتيجه آشوبى بر پا شد كه تا آن زمان سابقه نداشت . در آن بلواى عمومى بر ضد شيعه ، مردم متعصب با پشتيبانى لشكر طغرل سلجوقى كه از دربار خلافت نيز حمايت مىشدند به محلهء كرخ حمله آوردند ، و دست به قتل و غارت زدند . گروهى به خانهء شيخ طوسى هجوم بردند . شيخ با جمعى از شاگردانش پنهان شدند . چون به وى كه رئيس علماى شيعه و دانشمند بلند آوازهء بغداد بود دست نيافتند ، خانه و كتابهاى او را كه با خون دل تأليف و تصنيف كرده يا استنساخ نموده يا خريدارى كرده و جمع آورى نموده بود با كرسى استاديش و اشياء ديگر را به آتش كشيدند .

--> ( 40 ) - نگاه كنيد به منتظم ابن جوزى ، و كامل ابن اثير ، و البداية ابن كثير در وقايع سالهاى ياد شده .