پس از اين فاجعه شيخ طوسى پنهانى عازم نجف اشرف شد ، و در آن مكان مقدس و كنار مرقد منور مولاى متقيان كه در آن موقع از تعدادى خانه و سكنه تجاوز نمىكرد به سر برد . شاگردان شيخ و بسيارى از شيعيان بغداد و ديگر نقاط عراق و ايران كه از سكونت شيخ در نجف آگاهى يافتند به آن جا روى آوردند و سكونت اختيار كردند ، و از همين جا شالودهء شهر مقدس نجف اشرف ، و حوزهء علمى هزار سالهء آن پىريزى شد . شيخ طوسى دوازده سال آخر عمر پر بركت خود را در نجف گذرانيد و به سال 460 ه ، چشم از جهان فانى فرو بست و به ملكوت اعلاء پرواز نمود و همان جا نيز مدفون گشت . از آن زمان تاكنون از بركت فيوضات دروازهء دانش پيغمبر ، على عليه السّلام « 41 » و اقامت شيخ طوسى در نجف اشرف ، هزاران دانشمند دينى و فقيه اصولى و مجتهد جامع الشرائط و مرجع تقليد شيعه و نويسنده و فيلسوف و محدث و مفسر قرآن كريم و مردان الهى از حوزهء علمى نجف اشرف برخاسته‌اند ، و خدمات گران‌بهائى به مذهب اهل بيت عصمت و آئين مقدس اسلام نموده‌اند ، كه تا جهان پايدار است ، اين خدمت ارزنده و آثار علمى و فكرى و قلمى آنان نيز باقى است . دار العلم سيّد رضى به طورى كه گفتيم سيد رضى عهده‌دار مناصبى چون نقابت طالبيان و امارت حاج و رياست ديوان مظالم بود كه هر كدام به تنهائى مىبايد تمام اوقات او را بگيرد . با اين وصف او از سرودن شعر و نوشتن رسائل و تأليف و تصنيف غفلت نداشت ، علاوه بر تمام اينها به فكر تأسيس يك مدرسه عالى دينى و تربيت شاگردان هم پرداخت . او با اين كه از تمكن مالى بىبهره بود مع الوصف وقتى ديد گروهى از طلبهء علم و شاگردانش پيوسته در ملازمت او هستند ، خانه‌اى تهيه ديد و آن را به صورت مدرسه‌اى جهت شاگردان خود در آورد ، نام آن را « دار العلم » نهاد ، و تمامى نيازمندىهاى طلاب را براى آنها فراهم كرد . سيد رضى براى دار العلم كتابخانه و خزانه‌اى با كليه وسائل و لوازم فراهم كرد . سيد رضى ما يحتاج طلاب را در خزانه دار العلم جمع كرد ، و كليدهائى به تعداد طلاب به آنها داد تا هر وقت چيزى خواستند خودشان مستقيما در انبار را گشوده و هر چه خواستند بردارند ، و ديگر منتظر

--> ( 41 ) اين حديث شريف در ميان شيعه و سنى متواتر است كه پيغمبر ( ص ) فرمود : « انا مدينة العلم و على بابها » يعنى من شهرستان دانشم و على دروازهء آنست .