و مدفون گرديد در نجف اشرف در مسجد طوسى در همان‌جا كه قبر شيخ طوسى است . و شيخ فقيه خبير مرحوم شيخ جعفر كبير قصيده‌اى در مرثيهء وى فرموده و اولش اين است : إن قلبى لا يستطيع اصطبارا * و قرارى أبي الغداة قرارا و فضايل و مناقب آن بزرگوار بسيار است و شايسته است كه من تزيين كنم كتاب خود را به ذكر چند حكايتى : حكايت اول : نقل است كه ، سيد بحر العلوم يك سالى به حج بيت اللّه مشرف شد چون وقت حج را درك نكرد در مكه توقف نمود و به مذاهب اربعه درس مىفرمود و به حدى در نظر اهل آن‌جا وقع پيدا كرد كه بعضى از اهل سنت گفتند : اگر حق باشد آنچه را كه شيعهء اماميه مىگويند در مهدويت فرزند امام حسن عسكرى عليه السّلام هر آينه آن امام اين سيد مهدى خواهد بود « 1 » . حكايت دوم : شيخ ما به سند صحيح نقل فرموده كه ، وقتى سيد بحر العلوم به كربلا مشرّف مىگشت جماعتى در خدمتش مشرّف بودند كه از آن جمله تلميذ او شيخ تقى ملا كتاب بود ، و در خارج قافله هم شخصى بود كه به حال خودش سير مىكرد و لكن در هر جايى كه سيد منزل مىفرمود آن شخص هم فرود مىآمد و هرگاه كه سيد حركت مىفرمود او نيز حركت مىفرمود ، تا آن‌كه جناب سيد به او التفات فرمود و با اشاره او را طلبيد آن شخص نزديك آمد و دست سيد را بوسيد . سيد شروع كرد در پرسيدن احوال جمعى از مردان و دختران و زنان از اهل بيت و همسايگان آن شخص و آن جناب يك‌يك را نام مىبرد تا قريب به چهل نفر و آن مرد مستبشر و فرحناك مىگشت و جواب مىداد و شكل و لهجهء آن مرد شبيه به اهل عراق نبود ، پس ما سؤال كرديم از سيد كه اين كيست ؟ فرمود : از اهل يمن است . گفتيم : شما چه وقت در يمن ساكن بوده‌ايد كه اين جماعت را شناخته‌ايد ؟ سيد سر به زير افكند و فرمود :

--> ( 1 ) . مقدمه رجال سيد بحر العلوم ، ج 1 ، ص 36