برگزارى منابر و دفاع از عقائد اسلامى باعث شد كه بارها از طرف حكومت احضار شود . آثار آيت اللّه افشار در كنار كارهاى تبليغى و ترويجى كه داشت ، آثار پربارى را نيز خلق كردند ، هرچند بسيارى از اين نوشتار به علت تهاجم متعدد به بيت ايشان از بين رفته است . اما آنچه باقى مانده و به صورت خطى مىباشد كه هنوز منتشر نشده عبارت است از : 1 . تقريرات درس خارج فقه آيت اللّه العظمى سيد ابوالحسن اصفهانى ( ره ) ؛ 2 . تقريرات درس خارج اصول حضرت آيت اللّه العظمى محمد باقر زنجانى ( ره ) ؛ 3 . شرح كفايهء آخوند خراسانى ( ره ) در دو مجلد ؛ 4 . شرح بر مكاسب شيخ انصارى ( ره ) ؛ 5 . شرح بر لئالى منظومه ؛ 6 . شرح بر حكمت منظومه ؛ 7 . شرح بر رسائل شيخ انصارى ( ره ) ؛ 8 . مجموعه مقالات علمى و فلسفى ؛ 9 . رسالات در علم جفر و رمل و اعداد . در چنگال دژخيمان كمونيست مرحوم آيت اللّه محمد امين افشار ( ره ) از پاسداران شعاير اسلامى بود ، چنانچه ذكرش رفت . در مناسبت‌هاى مختلف اسلامى با بيان شيرين و شيواى خويش ، مردم را به تحصيل علم و دورى از جهل دعوت مىكرد ، او كه سخنور قهّارى نيز بود ، و يد طولايى در امر تبليغ و ترويج دين داشت ، در حسينيه‌اى كه در كابل ساخته بود به ايراد سخنرانى مىپرداخت و از ديگر سخنوران اين شهر براى سخنرانى در اين مكان دعوت مىكرد . اما كمونيست‌هاى كوردل كه از آغازين روزهاى دست يا بى به