قدرت در كودتاى ننگين هفت ثور ( ارديبهشت ) سال 1357 ش ، وجود روشنفكران و عالمان را بر نمى تافتند ، دستگيرى ، شكنجه ، زندان و در نهايت محو قشر روشنگر را در سرلوحهء كار خود قرار دادند . آنان در آغاز ، تبليغات گسترده‌اى را بر عليه علما و مروّجين راستين اسلام از طريق رسانه‌هاى جمعى ، چون تلويزيون ، سينما ، راديو و تئاتر و نيز در متينگ‌هاى حزبى و ملى به راه انداخته و تصميم به خدشه دار كردن چهرهء علماى دين گرفتند . پس از آن به سرعت هرچه تمامتر ، اقدام به دستگيرى آزاد انديشان و علما نمودند . آيت اللّه محمد امين افشار جزو اولين علمان بزرگوارى بود كه پيكان قساوت مزدوران كمونيست او را نشانه رفت . هرچند وى در زمان وقوع كودتاى كمونيستى در داخل افغانستان نبود و در ايران به سر مىبرد ، اما اخبار كشور را رصد مىكرد ، در چنين جوّ اختناقى كه در داخل كشور حاكم بود ، وى تصميم گرفت كه به افغانستان برگردد ، تلاش دوستان مبنى بر اينكه ايشان به كشور بر نگشته و در ايران بماند ، نتيجه نداد و در پاسخ آنها فرمود : « من بايد به كابل برگردم و هرچه بر سر علما آمد ، من هم آن را پذيرا مىشوم » . وى براى آگاهى بخشى به مردم و نجات كشور و اسلام از خطراتى كه آن را تهديد مىكرد به كشور مراجعت نمود . پس از بازگشت ايشان به كابل در نيمه شب 28 حوت ( اسفند ) سال 1357 ش ، چهار روز پس از قيام مسلحانه شهر هرات كه بيش از بيست هزار نفر از مردم مسلمان آن شهر توسط مزدوران كمونيست به خاك و خون كشيده شدند ، در حدود چهل نفر مسلح از مزدوران رژيم با دو عرّاده تانك زرهى به منزل ايشان يورش بردند ، پس از بازرسى منزل ، حضرت آيت اللّه محمد امين افشار را باخود بردند . كه تا هنوز از سرنوشت اين مرد بزرگ خبرى نيست . منابع : شفايى ، حسين ، زندانيان روحانيت تشيع افغانستان ، قم ، مؤلف ، 1368 . عادلى ( حسينى ) ، سيد جعفر ، شهداى نخبه و مرزداران انديشه ، كابل ، نسيم حيات ،