معتدلى بوده و به شيوهء قدما به اقوال و آثار عامّه نظر داشته است . براى نمونه ، بر كشّاف زمخشرى حاشيه نوشته و حاشيه‌اش بر تفسير بيضاوى علىرغم ناتمام ماندن آن ، از بهترين حواشى اين تفسير شمرده است . از اين گذشته ، در مواردى بين او و علماى مذاهب ديگر مباحث كلامى واقع شده كه در آنها بهائى از عقيدهء اماميّه دفاع كرده است و مهمتر از همه در اشعار عربى خود علاوه بر اظهار ارادت و اخلاص كامل به ائمّهء شيعه و اشتياق به زيارت قبور ايشان در مواردى از مخالفان آنها تبرّى جسته است . ازسوىديگر ، بهائى در كسوت فقر و درويشى بوده و علىرغم آمدوشد به دربار صفوى مشرب تصوّف و عرفان داشته است و بنابراين مورد توجه منابع صوفيّه قرار گرفته و گاه يك صوفى تمام عيار معرّفى شده است . حتى كيخسرو اسفنديار از تمايل بهائى به زردشتىگرى سخن به ميان آورده است . ( براى پاسخ معصوم عليشاه به اين توهّم ، رجوع شود به طرائق الحقائق ، ج 2 ، ص 252 ) . معصوم عليشاه بهائى را همراه با بسيارى از بزرگان شيعه چون ميرداماد ، ميرفندرسكى ، ملّا صدرا ، مجلسى اول و فيض كاشانى به سلسلهء نوربخشيه و نعمت‌اللّهيه منتسب كرده و او را خليفهء شيخ محمد مؤمن سبزوارى ، از خلفاى نور بخشيّه ، دانسته است . آنچه بيش از هر چيز تصوّف بهائى را قوّت بخشيده كلمات و اشعار خود اوست . بهائى در كشكول نيز كه آيينهء افكار و گرايش‌هاى باطنى اوست ، سخنان فراوانى از اكابر صوفيه مانند شيخ عبد القادر گيلانى ، جنيد بغدادى ، حسين بن منصور حلّاج ، حسن بصرى ، رابعهء عدويّه ، و سفيان ثورى نقل كرده و در بعضى موارد آنها را ستوده است . او در آثار خود از محيى الدّين ابن عربى با عباراتى مانند جمال العارفين ، شيخ جليل ، كامل ، عارف و و اصل صمدانى تجليل كرده است . و در تفسير العروة الوثقى خاتمهء مفتاح الفلاح در