تفسير آيهء إِيَّاكَ نَعْبُدُ وَ إِيَّاكَ نَسْتَعِينُ ، كلام امام صادق عليه السّلام را به « انّى أنا اللّه » گفتن شجرهء طور تشبيه كرده و بيت منسوب به شبسترى ( روا باشد انا الحق از درختى . . . ) را در تأييد نظر خود آورده است . نيز در كشكول پس از تجليل و تكريم فراوان از بايزيد بسطامى ، به نقل از علّامهء حلّى و ابن طاوس و فخر رازى ، و نيز براساس عقيدهء صوفيان ، او را سقّاى امام صادق عليه السلام دانسته است . همچنين از مهمترين شواهد بر تمايل وى به تصوّف ، تعظيم او از مولوى و ارادت به اوست ؛ در كشكول بيش از ديگران از او شعر نقل كرده است و در اشعارى كه به وى منسوب است مثنوى مولوى را « قرآن بر زبان پهلوى » خوانده است . مجموع اشارات فوق و نيز عبارات ديگرى از بهائى ، شخصيت عرفانى او را نزد صوفيّه قوّت بخشيده است . بعضى علماى شيعه نيز بر او به دليل تمايلش به تصوّف و بعضى موارد ديگر ايراد گرفته‌اند . آنچه مسلّم است بهائى بيش از ساير علما و فقهاى اماميّه تمايل به عرفان داشته است . به گفتهء علّامهء مجلسى ، وى اهل چلّه‌نشينى و رياضات شرعى بوده و به شاگرد خود محمد تقى مجلسى تعليم ذكر داده است . اگر تصوّف را به معناى ترك تعلّقات دنيوى و مجاهدهء با نفس و كسب كمالات روحانى بدانيم ، بهائى سهم وافرى از آن داشته است . وى در مراقبه و تزكيهء نفس كم‌نظير بوده و كراماتى نيز به دو منسوب است ؛ مزار او نيز مورد استشفا و توجه است . محمد تقى مجلسى ، كه خود فقيه و محدث بلندآوازه‌اى است ، براى شيخ بهائى مقامى قدسى قائل بوده و اقدام به نگارش شرح من لا يحضره الفقيه به نام روضة المتّقين را براساس رؤيايى كه نقل مىكند ، از بركات استادش دانسته و معتقد بوده است كه به امر او اين شرح را نگاشته است . همچنين ، بعضى منابع آگاهى او بر علوم غريبه را غير اكتسابى و مرهون