كاظمين ( 1003 ) ، هرات ( شوال 1010 ) ، آذربايجان و اران ( 1015 ) ، گنجه ( صفر 1015 ) ، قم ( ذيقعدهء 1015 ، سالى كه شاه‌عباس براى جنگ گرجستان به شمال غربى ايران رفته بود ) ، شيروان و آمد نيز مسافرت كرده است . همسر شيخ ، دختر شيخ على منشار عاملى ، زنى دانشمند بود كه پس از درگذشت پدر ، كتابخانهء نفيس چهار هزار جلدى او را به ارث برد و شيخ بهائى آن را در 1030 وقف كرد ، ولى پس از وفات بهائى ، اين كتابخانه به سبب اهمال در نگهدارى از بين رفت . از اينكه بهائى مدت زيادى از عمر خود را به تنهايى در سفر گذرانده مىتوان حدس زد كه فرزندى نداشته است . بيشتر منابع نيز فرزندى براى او نشناسانده و بعضى او را عقيم دانسته‌اند . نفيسى به نقل از محمد باقر ، الفت پسرى به نام على براى شيخ برمىشمرد كه گويا اهل فضل بوده است ، از ترديد شديد خود الفت در اين مورد برمىآيد كه اين قول اساسى ندارد . افندى اصفهانى تصريح دارد كه بهائى تنها يك دختر از خود به‌جاى گذارد كه اعقاب وى در زمان افندى در قيد حيات بوده‌اند . آقا بزرگ طهرانى نيز شاعرى به نام ميرزا محمد خطّاط بهايى گلپايگانى ( متوفى 1305 ) متخلص به « بهايى » و « گلشن » را با هفت واسطه از اولاد بهائى برشمرده و اجداد او را تا بهائى از علما و عرفا دانسته است . بنا بر نقل الفت و نيز به گفتهء شاردن ، دو خانواده در اصفهان به بهائى منتسب و مشهور بوده‌اند ، كوچه‌اى نيز به نام شيخ بهاء الدّين محمد در محلهء در دشت بوده و حمّام معروف شيخ بهائى در آن كوچه واقع است . همچنين در محلهء « خواجه بزرگ » خانه‌اى به نام شيخ بهائى وجود داشته است . خاندانى به نام « آل مروه » از علماى جبل عامل را نيز از اعقاب بهائى