در همين حال ، مردم جبل عامل از حضور بهائى در حلب آگاه شدند و به ديدارش شتافتند ، امّا شيخ براى آنكه شناخته نشود از حلب خارج شد . در شام نيز به مذهب شافعى شناخته شد و از روى تقيّه كتابى را كه در تفسير به نام شاه‌عباس صفوى نوشته بود ، به نام سلطان مراد سوم ، سلطان عثمانى ( متوفى 1003 ) تغيير داد . منابع ديگر در شرح اين سفر به ناشناس بودن و كسوت فقر و درويشى شيخ اشاره كرده‌اند ، امّا از اظهار تسنن او سخن نگفته‌اند . وقوع اين سفر طولانى در زمان شيخ الاسلامى بهائى بعيد مىنمايد ، ازين‌رو بعضى منابع گفته‌اند كه بهائى احتمالا به علت حسدورزى و رقابت روحانيان دربار با او براى مدتى از منصب شيخ الاسلامى استعفا كرد و به سفر رفت . از سفرهاى مهم و تاريخى بهائى ، سفر پيادهء او به مشهد به همراه شاه‌عباس است . در 25 ذيحجهء 1008 ، شاه‌عباس به شكرانهء فتح خراسان ، پياده از طوس به مشهد رفت . سه سال بعد در 1010 نيز به موجب نذرى كه داشت به همين كيفيت از اصفهان به مشهد رفت و سه ماه در آنجا ماند . احتمالا بهائى در هر دو سفر شاه‌عباس همراه او بوده است . از ديگر مسافرتهاى بهائى اطلاع دقيقى در دست نيست . مستندترين گزارش سفر بهائى را شاگرد او سيد حسين بن سيد صدر كركى عاملى معروف به مجتهد كركى ( متوفى 1076 ) كه چهل سال ملازم وى بوده ، به دست داده است . بهايى در 991 به حج و در رمضان 992 در راه بازگشت از حج به تبريز رفت و مدتى ( تا 993 ) در آنجا ماند . اشاراتى به اين سفر در كشكول و نيز در سفينه‌اى كه چند صفحهء آن به خط بهائى بوده آمده است . وى سفرى هم به كرك نوح در جبل عامل داشته و در آنجا با شيخ حسن صاحب معالم ( متوفى 1011 ) ديدار كرده است . از آثار وى چنين برمىآيد كه وى به شهرهاى ديگرى چون