ملاقات مىكرد و به استقبال او مىآمدند . شاه از او دعوت كرد و او به اصرار حجة الاسلام ميرزا فضل اللّه نورى دعوت شاه را پذيرفت و روز بعد با سوارى خاص به دربار رفت ، وقتى به قصر شاهى رسيد نخست‌وزير تا دروازهء قصر به استقبال وى آمد و چون با شاه ملاقات كرد ، شاه از جا برخاست و دست او را بوسيد و انگشترى الماس خود را به او هديه داد و در ركاب او دوازده سوار براى عزيمت به مشهد اعزام داشت . دوازده روز در مشهد ماند آنگاه به طرف هرات و قندهار حركت كرد و در آنجا امير كابل هشت سوار در ركاب وى مقرر داشت و خود نيز تمايل نشان داد كه با وى ملاقات كند اما وى نپذيرفت . هشت روز در هرات و چهار روز در قندهار سكونت يافت و پس از حركت از قندهار از راه چمن به ميروت رفت و مدت دو سال اين سفر به طول انجاميد . مولانا محمد ابراهيم در سن چهل و هشت‌سالگى براثر بيمارى ريه در 20 جمادى الاول 1307 ه ق / 12 ژانويهء 1890 م درحالىكه كلمه لا إله إلّا اللّه را بر زبان مىراند درگذشت و در حسينيهء پدر خود ممتاز العلماء پايين‌تر از مدفن پدرش به خاك سپرده شد . شاگردان او عبارت بودند از : مولانا على جواد بنارسى مجتهد ( درگذشته به سال 1373 ه ق ) ؛ قارى سيد عباس حسين ( علىگره ) ؛ ميرزا محمد هادى رسوا ( درگذشته به سال 1931 م ) ؛ مولانا امجد حسين الله‌آبادى ؛ محقق هندى محمد حسين ( درگذشته به سال 1337 ه ق ) ؛ حاج مولوى كليم سيد حسين بن تفضل حسين ( درگذشته به سال 1373 ه ق ) ؛ قارى يعقوب عليخان نصرت ( درگذشته به سال 1348 ه ق ) ؛ مولوى حكيم سيد احمد حسين زيدى ( درگذشته به سال 1920 م ) ؛ طبيب حاذق ميرزا محمد تقى ، ( درگذشته به سال 1352 ه ق ، لكنهو ) ؛ سلطان محمود ميرزا گوركانى برق ؛ مقيم كاشى و غيره . تصانيف او عبارتند از : امل آمل ، جواب استدلالى سؤالات نواب شفاء الدوله كه با ملاحظهء آن علماى عراق اجازه‌ها صادر كردند ؛ بضاعة مزجاة ، اولين تصنيف ؛ بارقهء ضيغميه ، غالبا بحث از متعه كرده ؛ نور الابصار فى اخذ الثار ، در احوال مختار ( 168 صفحه ، چاپى ، لكنهو ) ، ميرزا حاتم على مهر ترجمه آن را به نام « ذاب انتقام » زده است ؛ يواقيت و درر ، فى التماثيل و الصّور ، بحث دربارهء تصويركشى ؛ شمه فى احكام الجمعة ، در سفر ايران تدوين يافته و نام آن را « لمعهء ناصريه » گذاشته و به نام ناصر الدّين شاه قاجار كرده است ، ( كتابى مبسوط در زمينهء فقه استدلالى ) ؛ تفسير ظل ممدود ، بحث تحقيقى پيرامون سوره‌هاى « هود » ، « كهف » ، « يوسف » ؛ تفسير ينابيع الانوار ؛ مواعظ ماه صيام ؛ كتاب المسائل ، فتاوا ؛ بياض