كه امور مربوط به وزارت و صدارت مورد توجه‌شان بود در كارگزارى ايشان ، به آن‌ها مراجعت مىكردند و مدتى بر اين گذشت تا پدرش وفات يافت . و در هنگامى كه نوبت سلطنت به شاه صفى رسيد ، وى چشم‌هاى فرزندان او را كور كرد ، و خود او را در 23 رجب سال 1041 هجرى ، پس از آنكه دو سال به وزارت او برقرار بود ، از مقام وزارت عزل كرد . و دستور داد تا در شهر قم اقامت نمايد ، و در واقع او را به قم تبعيد كرد ، پس از چندى وى را به اصفهان طلبيد ، و سيد مدتى را در اصفهان به سر برد ، تا نوبت پادشاهى به شاه‌عباس ثانى رسيد ، و اواسط سال 1055 هجرى . كه ساروتقى ، وزير شاه‌عباس كشته شد ، خليفه سلطان ، به وزارت شاه‌عباس برگزيده شد ، و در آن هنگام كه سلطان به قندهار رفت و آنجا را فتح كرد ، همراه او بود . پس از بازگشت از قندهار ، به اصفهان آمد ، و اين‌بار مدت هشت سال و شش ماه بر اريكهء وزارت برقرار بود تا اينكه در سال 1064 هجرى ، در مازندران درگذشت ، و جنازهء او را با تشريفات لازم به نجف اشرف حمل كردند « 1 » .

--> رابطه محبت داشت ، هنگامى كه شنيد خليفه سلطان به مقام ، وزارت رسيده ، اين دو شعر را در تبريك مقام او گفت : بشرت بالخير يا بشير * جئت على الوقف من ضميرى لو أحد طار من سرور * لطرت من شدّة السرور - م . ( 1 ) - سيد عبد الحسين خاتون‌آبادى ، در وقايع السنين و الاعوام ذيل گزارشات سال 1064 هجرى مىنويسد : قبر سيد شريف خليفه سلطان ، سلطان العلمائى ، در نجف اشرف ، در كفش‌دارى ايوان مطهر است ، نصرآبادى ، در تذكره ، ذيل احوال امرا مىنويسد : در تاريخ شهور سنهء 1064 در ولايت مازندران طاير روح پرفتوحش به قصد مأمن جاويد بال پرواز گشود