نواقص نسخه از جمله ضايعات ونواقص نسخه موجود علاوة از آن كه قبلا بيان گرديد چهار مورد عمده ديگر است كه تاكنون غير قابل جبران بوده وهمچنان در صورت به دست نيامدن نسخه كامل غير قابل جبران باقي خواهد ماند ، آن نواقص چهارگانه را بترتيب يادآورى مىكنيم : الف - از موارد مختلف إشارات وارجاعات مؤلّف بزرگوار در أثناء كتاب استفاده مىشود كه براي كتاب خطبه وفهرس مفصّلى داشته ونوشته بوده است ، متأسفانه جز چند جمله از قسمت آخر آن خطبه ( كه در بارهء اشاره به عناوين مقدمات هفتگانه كتاب است ) باقي نيست وبقيّه خطبه وتمام فهرس مفقود شده است . ضمنا دو مطلب را تذكّر مىدهيم : اوّل : باقيمانده خطبه مفقودة را در اوّل كتاب تحت عنوان : ( بقيّة خطبة الكتاب ) مشخّص كرديم . دوّم : خطبه‌اى كه در اوّل كتاب آمده است ، خطبه‌اى است كه جناب مؤلّف در ابتدأ شروع تفسير سورهء حمد إنشاء فرموده است ، براي اينكه اوّل كتاب بدون خطبه نباشد همان خطبه را در ابتداء كتاب قرار داديم ، البتّه در محلّ خودش هم ذكر خواهد گرديد . ب - از مقدّمهء هفتم كتاب كه بنظر مىرسد بسيار مفصّل بوده وبه احتمال قوى مطالبى مشابه مطالب كتاب جامع الأسرار ومنبع الأنوار داشته است ، جز يك صفحه ( بخط مؤلّف ) در نسخه موجود نيست ، ومتأسفانه بقيّهء آن مفقود شده است . ج - جلد دوّم كتاب كه با جلد اوّل در يك مجلد صحافي شده شامل تفسير وتأويل سورهء حمد وتفسير وتأويل 54 آية از سورهء بقره مىباشد ، ولكن مع الأسف همان گونه كه اشاره شد ، حدود ثلث - از هر صفحه از قسمت تفسير سورهء بقره را موريانه محو كرده وقابل جبران نبود وباقيمانده را نيز أصولا از حيّز استفاده بيرون برده است ، البتّه از بعضي از صفحات از لابلاى سطرهاى باقي مانده أحيانا مطالبى را استخراج كرديم ، إن شاء اللّه در جلد چهارم ( چاپى ) پس از تفسير سورهء حمد اضافه