وجود يك دانشمند إيراني وشيعه در مركز دنياي عرب وأهل تسنن آن هم به صورتي كه به تنهايى تمام اعتبار علمي اسلام بوده وقوت وقدرت علمي أو هر مخالفى را از رويارويى عالمانه با اين ستارهء درخشان آسمان علم ومعرفت مأيوس مىكرد ، موجب شد تا گروهى از جاهلان عالم‌نما در مقابل منطق فوق‌العاده متين شيعه خلع سلاح شده از خلأ وجود شيخ مفيد وسيد مرتضى كه هردو عرب بودند استفاده كرده وشروع به تفرقه‌افكنى در جامعه اسلامى نمودند . البتة حوادث تلخى كه موجب هجرت شيخ از بغداد شد منحصر به زمان زعامت ايشان نبود ، بلكه از سال ورود ايشان ودر دوره زعامت شيخ مفيد تا زمان شيخ طوسي ادامه داشت واين تعرضات حدود چهل سال به صورت پراكنده اتفاق مىافتاد ، امّا نفوذ شيخ مفيد وسيد مرتضى در ميان اعراب أهل تسنن وحكومت‌هاى محلى وقت ، مانع أوج گرفتن تعرض به شيعه مىشد . ولى در زمان شيخ طوسي ودر سال‌هاى 448 - 447 ه ق حوادث بزرگى رخ داد ؛ به گونه‌اى كه أهل تسنن به‌طور دست‌جمعى بر ضد شيعه شوريدند وبسيارى از ايشان كه در محله شيعه‌نشين كرخ زندگى مىكردند را به شهادت رسانيده ، خانه‌هايشان را تصاحب كرده ودست به غارت اموالشان زدند واين حوادث درست در ماه‌هاى محرم وصفر كه شيعيان مشغول عزادارى براي سيّد وسالار شهيدان ، امام حسين عليه السّلام وأصحاب وأهل بيت سرافرازش بودند به وقوع پيوست . خلاصه ماجرا به اين صورت بود كه وقتي « طغرل بيك » حكمران سلجوقى كه سنى متعصبي هم بود به تشويق « القائم بأمر اللّه » بغداد را در سال 447 ه ق تصرف كرد وموجب انقراض حكومت « آل بويه » شد ، عرصه را روزبه‌روز بر شيعيان تنگ‌تر كرد ، تا آنجا كه گفتن حي على خير العمل را در اذان ممنوع كرده ، دستور داد به جاى آن به شيوهء أهل تسنن در نماز صبح بگويند : الصلاة خير من النوم ومأمورينى را مسؤول نظارت بر اين عمل كرد .