خود ؛ أعم از معقول ومنقول به عالىترين سطح علمي نايل شد ودر أهم موضوعات اسلامى هم دست به تأليف كتب متنوعى زد كه در جاى خود به آن اشاره مىشود . شهرت علمي وشخصيت والا واحاطه وسيع شيخ بر عقايد ومذاهب موجب گرديد تا خليفهء وقت ، القائم بأمر اللّه كه از خلفاى عباسى وسنّىمذهب بود ناگزير شود تا كرسي علم كلام را كه به سرآمد علماى عصر تعلق مىگرفت در اختيار ايشان بگذارد . شيخ روى اين كرسي مىنشست وعلم كلام ؛ يعنى بحث پيرامون عقايد ومذاهب را كه رايج‌ترين علوم آن روزگار بود ، درس مىگفت وبه تمامى شبهات مخالفان با چيرگى وآگاهى مثال‌زدنى جواب محكم ومستدل مىداد . با توجّه به اين‌كه بغداد در آن زمان مركز ثقل علماى أهل سنّت بوده وبسيارى از ايشان علنا با شيعه مخالفت وحتى دشمنى مىكردند ، بدست آوردن كرسي علم كلام توسط شيخ نشان مىدهد كه وى علاوة بر اعتدال وپرهيز از حساسيت‌زايى ، از اعتقادات أهل بيت وشيعه چنان دفاع كرده است كه حتى بين أهل تسنن كسى يافت نمىشده كه سؤال بىپاسخى از ايشان كرده باشد واين امر چيزى جز تسلط فوق‌العاده ايشان بر علوم عصر خود نيست . شيخ طوسي مدت دوازده سال ؛ يعنى تا سال 448 ه ق با كمال عظمت وعزت در بغداد مشغول به تدريس ، تأليف وپاسخگويى به مسائل وارده از بلاد مختلف اسلامى بود ومرجعيت وزعامت ايشان مورد پذيرش شيعيان عراق وإيران وشام قرار گرفته ودر مسائل ومشكلات به ايشان مراجعه مىكردند . حوادث تلخ بغداد با كمال تأسف ، تعصب‌هاى جاهلانه‌اى كه از آغاز اسلام تاكنون مانع پيشرفت مسلمانان شده ، در آن زمان هم مانع فعاليت خداپسندانه وأقامت شيخ در بغداد شد .