به طور كلّى متفاوت است . مباحث اين كتاب در 3 ركن به ترتيب زير تنظيم شده . ركن اوّل : مباحث ادلّه شرعيه در 4 قول : الكتاب ، السنّة ، الاجماع ، أدلّة العقل ؛ ركن دوم : مباحث مشتركات كتاب وسنّت در 4 قول : الألفاظ ، الأوامر والنواهي ، العموم والخصوص ، ساير المشتركات ؛ ركن سوم : مباحث اجتهاد وتقليد در 2 قول : الاجتهاد ، التقليد . لكن مباحث كتاب معالم در 9 مطلب به ترتيب زير است : الألفاظ ، الأوامر والنواهي ، العموم والخصوص ، المطلق والمقيّد والمجمل والمبين ، الاجماع ، الاخبار ، النسخ ، القياس والاستصحاب ، الاجتهاد والتقليد . 2 - هر مبحث در اين كتاب ذيل يكى از عناوين : أصل ، تنبيه ، تذنيب وتفريع مرتّب شده در حالي كه در كتاب معالم فقط عنوان أصل رؤيت مىشود . امّا از حيث محتوايى : 1 - عناوين ومباحث برخى از أصول در نقد الأصول از مباحث خاصّ اين كتاب است ودر معالم ذكر نشده ، همانند : أصل 5 از أصول عموم وخصوص در بيان اينكه فعل در سياق نفى وفعل متعدّى واقع در سياق نفى آيا ظهور در عموم دارد يا خير ؟ ، وأصل 7 از أصول عموم وخصوص در بيان اختلاف در مقتضى ، وأصل 9 از أصول عموم وخصوص در اينكه سبب موجب تخصيص عام نمىشود ، وأصل 7 از أصول ادلّهء عقل در وجوب يا عدم وجوب عمل به احتياط . 2 - در موارد كمي وجوه استدلال فيض بر مختار خود بيشتر از وجوه صاحب معالم است ، همچون أصل 2 از مباحث القول في ساير المشتركات در جواز تأخير بيان از وقت حاجت ، وأصل 4 از أصول القول في التقليد در جواز تقليد مجتهد ميّت ، وتحرير مبحث عبادات مكروهه در اجتماع امر ونهى . 3 - در مواضعى از كتاب ، تحقيقات صاحب معالم ذكر ودر آن خدشه شده است . همچون أصل اوّل از مباحث اجتهاد در مسأله تجزّى اجتهاد ، وأصل دهم از القول في الأوامر والنواهي در جواز تعلق امر ونهى به شيء واحد . 4 - مباحث مطرح‌شده در تنبيهات وتذنيبات از تحقيقات خاصّ فيض وتفريعات نيز از ابتكارات وى در اين كتاب مىباشد كه در ذيل برخى از مباحث أصول كتاب ، مسائل فقهى متفرّع بر آن أصل را بيان ونحوهء تطبيق واستنباط آن مسائل را تبيين نموده وحكم آن مسائل فقهى را بر مبناى مختار خود ذكر كرده . ودر برخى از تفريعات خصوصا آنجا كه دو وجه مبنايى در مسأله أصولي وجود داشته به ذكر عبارت « وجهان مبنيان » در حكم آن مسأله بسنده كرده است . نقد الأصول وبرخى از نظرات خاصّ مؤلّف در آن فيض در بيشتر مباحث كتاب ، همان نظر مشهور اصوليين اماميه را پذيرفته ؛ ودر موارد كمترى