روزگار آنكه پادشاه به هيچ وجه من الوجوه متوجه اين حكايت نگرديده و از هيچ‌كس نپرسيد كه اين چه حكايت بود ، چه جاى آنكه از كسى بازخواست كند . » البته روحيهء بىعملى شاه سلطان حسين را همه مىشناسند . به هر روى اين حادثه سبب شد كه « آزارش شدت نمود و بالاخره منتهى شد به آنكه خون از سينهء او دفع مىشد و در شب سه‌شنبه ششم شهر ربيع الاول سنهء 1127 سه ساعت به طلوع مانده از دنيا رحلت نمود به آزار ذات الرية ، در وقتى كه آفتاب در برج حوت بود ، اللّهم اغفر له و لجميع المؤمنين و المؤمنات بالنبى و آله الأخيار و عذّب من سعى فى دمه . » « 1 » گويا رخداد مزبور سبب شده است تا در برخى از منابع ، عنوان شهيد به او داده شود . علامهء امينى به نقل از برخى مصادر چنين عنوان كرده كه وى مسموم شده و در زمان خود به عنوان شهيد ثالث مشهور بوده است . « 2 » با توجه به آگاهىهاى دقيقى كه از طريق مؤلف تكملهء وقايع در دست داريم ، نبايد اين خبر مطابق واقع باشد . در عين حال بايد در منشأ آن تحقيق بيشترى كرد . محل دفن وى در تكيهء خاتون‌آبادىها در تخت فولاد اصفهان ، وسط اتاق دوم ، سمت مشرق است . « 3 » دربارهء محمد باقر آگاهىهاى ديگرى در دست داريم . شيخ عبد النبى قزوينى ، ذيل نام او مىگويد : وى از دو جهت جلالت و عظمتى كسب كرد كه براى ديگر عالمان به دست نيامد . يكى از جهت مهارت او در تدريس ، به ويژه تقرير درس بود ؛ به طورى كه مولى اسماعيل خواجويى مىگفت كه از زمان درس ادريس نبى عليه السلام تاكنون در تقرير درس كسى چون او نيامده است . و دوم آنكه او تا اندازه‌اى نزد شاه سلطان حسين اعتبار يافت كه اساسا قابل تصور نيست آن گونه كه وزير اعظم جز به امر وى جرأت كشيدن توتون نداشت . به دنبال آن ، خاطره‌اى از درس شرح اشارات او ، به نقل از محمد صالح حسينى آورده است . « 4 » محمد زمان بن كلب على نيز در كتاب فرائد الفوايد « 5 » خود كه در زمان حيات محمد باقر مدرس تأليف شده ، اشاره به مقام علمى او كرده است . او با اشاره به ساختن مدرسهء جديد سلطانى مىنويسد : « و در سال سابق كه هزار و صد و بيست و يك هجرى باشد روز پنجشنبه دهم شهر رجب المرجب به طلبهء عظام ، حجرات آن را كه يك‌صد و پنجاه [ و ] شش باشد به تصديق مدرس آن ، افضل فضلاى زمان و اعظم علماى دوران ، ذى المجدين المؤيّد

--> ( 1 ) . خاتون‌آبادى ، همان ، صص 567 - 569 ( 2 ) . امينى ، شهداء الفضيله ، صص 234 - 235 ( 3 ) . مهدوى ، تخت فولاد ، ص 114 ( 4 ) . قزوينى ، تتميم ، صص 77 - 78 ( 5 ) . همان ، صص 77 - 78