فخر الدّين نامه‌اى بمحمد سام در تسليم آن قلعه بفرستد و امير دانشمند خود به تصرف آنجا برود . امير دانشمند با نامهء ملك فخر الدّين به داخل قلعهء اختيار الدّين قدم گذاشت ولى در دام تزوير غوريان افتاده بتاريخ صفر 706 بدست اتباع محمد سام بقتل رسيد و اهل هرات لشكريان او را منهزم كردند و بخراسان گريزاندند و فتنهء بزرگى در هرات برپاشد . رسيدن خبر واقعه باولجايتو غضب او را بيش از پيش شدّت داد و آن ايلخان امير يساول و پسر امير دانشمند را بار ديگر بهرات فرستاد و ايشان با 30000 سپاهى بهرات آمدند و به محاصرهء آن شهر مشغول شدند . اتفاقا در اين اثنا ملك فخر الدّين فوت كرد و بين محمد سام و سران ديگر غورى اختلاف بروز نمود و قحطى نيز پاى مقاومت اهالى را سست نمود . عاقبت محمد سام تسليم پسر دانشمند شد و او در 21 ذىالحجهء 706 هرات را مسخر ساخت و محمد سام را بخراسان فرستاد و اگرچه در ابتدا او را امان داده بود ولى بدستور امير يساول بالاخره سركردهء غورى را بقتل رساند . « اولجايتو سلطان دانشمند بهادر را با ده هزار سوار جوشن‌پوش نيزه‌گذار بجانب هراة روان ساخت كه ملك فخر الدين و نكودريان را بلطف يا عنف بدرگاه عالم‌پناه رساند و چون دانشمند بهادر به جلگاه هراة درآمد و مهم ملك فخر الدين به صلح فيصل نيافت حكام فراه و اورق و قلعه‌گاه و اسفزار و ساير ولايات نزديك را طلبيده به ظاهر شهر شتافت و مولانا وجيه الدين نسفى كه منصب قضاء بلده هراة تعلق بوى داشت و قبل از رسيدن امير دانشمند بخراسان جهة مهمى بنيشابور رفته بود و در آن بلده بر سبيل اختيار يا اضطرار به دانشمند بهادر پيوسته در اين ايام از غايت ديانت بعرض رسانيد كه هراة را آسان مىتوان گرفت مشروط به آنكه شوارع را چنان مضبوط سازند كه هيچ‌كس غله به شهر نتواند برد و بتعليم قاضى دانشمند بهادر سواران هشيار بر هر طرف گماشت و چون در شهر محصول كهنه تمام شده بود و نو نرسيده قحطى عظيم روى نمود بعد از آنكه ده دوازده روز از جانبين بحرب و ستيز پرداختند به وساطت شيخ قطب الدين چشتى ميان امير دانشمند و ملك فخر الدين بساط مصالحه تمهيد يافت برين موجب كه ملك فخر الدين بقلعه اشكلجه كه آن را امان‌كوه نيز مىگفتند رود تا مغولان در اثناى راه مضرتى بملك نتوانند رسانيد و از ابناء دانشمند بهادر لاغرى با وى همراهى نمايد و طغاى به بلدهء فاخرهء هراة درآيد و چون ملك بحصار رسد لاغرى را بازفرستد و برين موجب عهد و پيمان در ميان آورده عهدنامها نوشتند و بغلاظ ايمان تأكيد يافت آنگاه با معدودى چند به شهر درآمد و ملك فخر الدين قلعهء اختيار الدين را بجمال الدين محمد سام كه از نوكران قديم او بود و به صفت شجاعت و تهور اتصاف داشت سپرد و در محافظت آن حصار و نگاهداشتن عنان اختيار وصيتها فرمود و شمشير خاصهء خويش