پس از مرگ سلطان احمد ، مغولستان دچار جنگ‌هاى متعدد داخلى و آشفتگى فراوان شد . برادر بزرگتر او سلطان محمود از غرب به ممالك وى تاخت . پسران متعدد سلطان احمد با يكديگر به منازعه برخاستند . گروه‌هايى از مردم و نيز قرغيزها از تنه‌هاى اصلى جدا شدند . آشفتگى و جنگهاى داخلى چندين سال دوام داشت . ابا بكر ( دوغلات ) كاشغرى توسط قلماق‌ها و قزاق‌ها بر مملكت تسلط يافت . پس از آن قبايل مغولستان هرگز تحت رياست يك تن واحد با هم متحد نشدند . دو تا از خانات و اتحادى از قرغيز - قزاق ، ظاهرا از ميان خرابىهاى خانات مغولان سر بيرون آوردند . سلطان منصور پسر ارشد سلطان احمد در آقسو ، تورفان و غيره مستقر گشت و خانات جديدى در كاشغر و ولايات غربى تأسيس شد . شرق منصورخان ، پسر ارشد سلطان احمد كه فرمانرواى تورفان و ولايات شرقى - يعنى اويغورستان شناخته شد و بر آنجا فرمان مىراند . وى در 950 ( 4 - 1543 ) درگذشت در حالى كه دو سال به اتفاق پدر و بيش از چهل سال شخصا سلطنت كرده بود . پسرش شاه خان جانشين او شد . غرب سلطان سعيدخان ، پسر سوم سلطان احمد ، در رجب 920 ( سپتامبر 1514 ) يا يازده سال پس از مرگ پدر ، كاشغر را گرفت و ابا بكر ميرزا را بيرون راند . وى در 16 ذيحجه 939 ( 9 ژوئيه 1533 ) درگذشت ؛ و پسرش عبد الرشيدخان به جاى او نشست كه وى نيز در 973 فوت شد ؛ و پسرش عبد الكريم جانشين او شد . در اين ميان قرغيزها تحت فرمان خانان خود در دشت‌هاى قرغيز مستقر گشتند و با گذشت زمان نوعى اتحاد و همبستگى با اوزبكان قزاق تشكيل دادند . گروه اخير تا حدودى توانسته بود تا آن روز دوام بياورد و « گروه سوم قرغيز » نام گرفته بود . امراى كاشغر يا آلتى شهر كه معاصر خانان مغولستان بوده‌اند :