شرق ايسان بوغاى دوم ، در 832 هجرى ( 1492 ) بر تخت نشست و در تمام طول زندگانى مورد حمايت مغولان شرقى بود ، در 866 ( 1462 ) « 1 » درگذشت و پسرش جانشين او شد . دوست محمدخان ، كه در نواحى شرقى ( اويغورستان و غيره ) حكومت مىكرد و در 837 ( 9 - 1468 ) فوت شد . كبك سلطان اوغلان ، پسر او مدتى بر حدود تورفان يا اويغورستان حكومت داشت كه در آنجا به قتل رسيد . سلطان احمدخان ، پسر دوم يونس‌خان كه بر مغولان شرقى در آقسو و اويغورستان فرمان مىراند ، او كه معمولا به الاچه‌خان - « خان قاتل » مشهور است بر آن بود تا خود را فرمانرواى مطلق دشت‌ها كرده ، رؤساى آنها را نابود كند و از قدرت قبايل آن بكاهد . شيبانىخان در 908 ( 3 - 1502 ) او را شكست داد و سلطان احمد در 909 ( 4 - 1503 ) از غصه هلاك شد . غرب يونس‌خان ، كه در 832 ( 1429 ) بيرون رانده شده بود ، در 860 ( 1456 ) بازگشت و بر غرب مغولستان سلطنت كرد . دشمنىهاى ميان مغولان شرقى و غربى تا زمان مرگ كبك سلطان برادرزاده ارشد او همچنان باقى بود اما وى بدون رقيب سلطنت كرد . در نيمه دوم زندگانى او قبايل دوردست دشت‌ها از شيفتگى وى به شهرها اظهار نارضايتى كرده از اطرافش پراكنده شدند و سلطان احمد يا الاچه‌خان پسر دوم او را به خانى برداشتند - بدين ترتيب در طول زندگانى يونس‌خان ، براى بار دوم پادشاهى به دو بخش تقسيم شد . وى در 892 هجرى ( 1487 ) درگذشت . سلطان محمودخان ، پسر ارشد يونس خان ، در تاشكند به جاى پدر نشست و رياست قبايل غربى را نيز به دست گرفت . وى در 908 از شيبانى خان شكست خورده ، تاشكند و سيرام را از دست داد و سرانجام در 914 هجرى ( 9 - 1508 ) به فرمان شيبانى مقتول شد .

--> ( 1 ) . مطابق روايات چينى ، ايسان بوغاى دوم در 1445 درگذشت و يه - مى - لى - هو - جو ( ايميل خواجه ) نامى به جاى او نشست . ايميل خواجه شخصى است كه ظاهرا هيچ يك از منابع اسلامى ، نامى از وى به ميان نياورده‌اند .