آن قائم‌مقام صدر ، محمد على گرديد . به اين نكته اشاره بايد كرد كه يكى از آرمانهاى قبل از دوره اسماعيل ، ورود بعضى از بدعتها به مذهب تشيع بود ( مثلا لعن و طعن سه خليفه نخستين كه بعدها حذف شد ) كه حذف آن عملا معادل با پذيرش و برسميت شناختن تشيع اثنى عشرى و نهادهاى فقهى آن بود تا آنجا كه ذكر نام مجتهد حاكى از ملاحظات مذهبى مربوط به دو نبود چنانچه چشم‌پوشى از طعن و لعن سه خليفه نخستين در نظر شيعه نشان از انحراف مذهبى و كلامى نداشت . عواقب اين فرمان عملا منحصر به محو نهايى مفهوم جهاد در جهان اسلام شد كه حال ديگر داراى فرق نبود بلكه مذاهب فقهى داشت و نماينده پنجمين مذهب - مذهب به اصطلاح جعفرى - شيعه اثنى عشرى بويژه اصوليهاى دوازده امامى بودند . اين امر در ايران به تمايز بين حيات واقعى مذهب ( از آن مردم ) و وظيفه اجراى شريعت ( هرچند برطبق مذهب جعفرى ) انجاميد . نتيجه مثبت اين دوگانگى ( كه از منظر اسلامى غيرعادى بود ) در بررسيها و بحث‌وفحص متون مقدس به اتخاذ مفاهيم كاملا فنى منجر شد . توانايى واقعى شيعه در حل مسائل و ديدن مشكلات از پشت عينك يك نظام عالى و توسعه‌يافته فقهى ، بدون دخالت نظامى از نوع مذهبى - انسانگرايى ، بعدها در مقايسه با ساير ممالك اسلامى ، بدينجا انجاميد كه اين نظام درپى ارائه راه‌حلهاى جديد و مدرن از عهدهء مسائل و مشكلات گوناگون سياسى و اجتماعى برآيد .