بايقرا صورت گرفت ، علاقه او را به درگيرى در مناطق مركزى تيموريان و نفرت وى را از ازبكان آشكار ساخت چرا كه او را از اين سرزمينها رانده بودند . همان دشمن اين‌بار در شرايط جديدى از دوسو بابر را بار ديگر در كابل به خطر انداخت : در شمال از قندوز و ايالت بدخشان و در شمال غرب از قندهار . در آغاز او شاهد سقوط برادر جوانش ناصر ميرزا در برابر ازبكان بدخشان بود ؛ و هنگامى كه محمد شيبانى قندهار را نيز به محاصره درآورد ، بابر حكومت خود را موقتا از دست رفته فرض كرد . در هر حال وى تصميم داشت كه مردانش را از كابل فراخواند و به سوى هند رهسپار شود . او به دليل دامهايى كه قبايل افغانى بر سر راهش گسترده بودند ، نمىتوانست سريع‌تر حركت كند ؛ و در راه شنيد كه به موجب مشكلاتى كه با آن مواجه شده‌اند ، محاصره قندهار را پس از تحميل شرايط ساده‌اى به محاصره‌شوندگان وانهاده‌اند . بابر به دنبال اين تب‌وتابها بار ديگر به كابل برگشت . بابر چندى بعد خبرهايى از لشكركشى پيروزمندانه شاه اسماعيل در خراسان دريافت كرد كه در جنگ مرو محمد شيبانى را در اول رمضان 916 / 2 دسامبر 1510 به قتل رسانده و وارد هرات شده است . او به‌رغم شرايط سخت زمستانى ، به سمت ماوراءالنهر راند . در قندوز كه با پايدارى ازبكان روبه‌رو شد ، خواهر او خانزاده بيگم كه در زمان تصرف سمرقند بناچار به عقد نكاح محمد شيبانى درآمده بود ، به دو پيوست . او در مرو به دست ايرانيان افتاده و شاه اسماعيل وى را به نزد برادرش فرستاده بود . بابر در برابر چنين رفتار دوستانه‌اى شاهزاده ميرزا خان را با فرستادن هدايا و ارسال پيام تبريك و تهنيت به مناسبت پيروزيهاى شاه اسماعيل به نزد او گسيل داشت . شاه اسماعيل ايلچى او را در حكومت بدخشان استوار ساخت و اطمينان داد كه بابر مىتواند تمام نقاط ماوراءالنهر را كه از ازبكان گرفته است از آن خود كند ؛ با اين شرط كه به مذهب تشيع مشرف شود . بابر گو اينكه با اين عمل‌اش سلطه و اطاعت صفويان را تصديق و تأييد مىكرد ، آن را پذيرفت . در پيشروى خود به سوى ماوراءالنهر ، حصار و بخارا را گرفت . او در رجب 917 / اكتبر 1511 سمرقند را متصرف شد ( براى سومين‌بار ) ، ولى بار ديگر در ماه صفر / مه پس از ضد حمله ازبكان ، آنجا را به اجبار تخليه كرد . در ضمن در هنگام برگشت عيش اوّليه او طيش شد و با نارضايتى و نفرت برگشت ؛ چون قوم سنى مذهب او راضى به پذيرش مذهب تشيع نبودند . با اينكه در نظر بابر پذيرش تشيع چيزى فراتر از يك اعتراف لفظى نبود ، ولى در خطبه نماز جمعه نام شاه اسماعيل خوانده شد و رفتار سختگيرانه او با اهالى سنى مذهب هرات بر سر زبانها افتاد ؛ در ضمن اعتراف او به مذهب شيعه نيز مطرح گرديد . چنين ملحوظاتى مىبايد در نوشته‌هاى روى مسكوكات نيز مراعات مىشد . كمى پس از آن با ورود نيروهاى كمكى ايرانى تحت فرماندهى ياراحمد خوزانى