حضور داشت ، و چند هفته پس از نشستن حسين بايقرا به تخت شاهى وارد پايتخت گرديد . او را محافظ مهر اعظم كردند و در سال 876 / 1472 ديوان بگى ديوان بزرگ امارت شد . نفوذى كه او اعمال مىكرد به قدرى مؤثر و مقتدرانه بود كه پس از سلطان شخص دوم دولت به حساب مىآمد . روابط بين حاكم و مشاورش در طى زمان محكم و عميق شد و اين حالت سالها ادامه يافت ؛ و عليشير نوائى در سال 892 / 1482 به مدت پانزده ماه حاكم استرآباد شد در حالى كه اين روابط همچنان ادامه داشت . آوازه و اهميت زيادى كه وى بهم زده بود و اتفاقا با اقدامات فرهنگى او نيز بىارتباط نبود ، از مجالس تعزيه‌اى معلوم مىشود كه سلطان حسين بايقرا در ايام درگذشت او در سال 906 / 1501 راه انداخت . سال 1501 م . در تاريخ آسياى ميانه و خاورميانه مقطع جديدى به شمار مىرود و با سقوط تيموريان و پديدارى قدرتهاى جديد همراه است . در اين سال قدرت ازبكان كه در بالا بدان اشاره رفت ، در نتيجه فتح نهايى سمرقند به دست محمد شيبانى ، مستحكم گشت و شاه اسماعيل اول كه امپراتورى صفويان با او آغاز شد ، بر تخت سلطنت نشست . حسين بايقرا كه در طى سه دهه پسين حكومتش در هرات هرچه بيشتر از شجاعت نظامى ايام جوانىاش دور شده بود ، ايام سالخوردگى و بيمارى پيشرونده‌اش او را از تصميم‌گيريهاى قاطع و پرتوان محروم ساخت . چنان كه از مكاتباتش معلوم مىشود ، بيمارىاش او را از درگيرى با شاه اسماعيل باز داشت . او براى مدت طولانى - در واقع بسيار طولانى - چشمش را به روى تهديد بلافصلى كه از حملات ازبكان حاصل مىشد ، بست ؛ ازبكانى كه موفقيتهاى آنان در ماوراءالنهر از ديد او مخفى نمىماند ؛ او به قلاع خود كه راه خراسان را مىبست ، دل بسته بود . حتى تلاش بابر هم براى واكنش در برابر دشمن مشتركشان ، نظر و ديدگاه او را برنگرداند ؛ و لذا زمانى رسيد كه ازبكان توانستند از سيحون بگذرند ، خوارزم را فتح كرده و تهاجمات غارتگرانه عليه خراسان به راه بيندازند . سلطان حسين بايقرا زنده نماند تا زوال امپراتورى خويش را به چشم ببيند . او در 11 ذوالحجه سال 911 / 4 مه 1506 در حالى كه سرانجام عليه ازبكان راه افتاده بود ، دار فانى را وداع گفت . درست در همين زمان بود كه بابر در حال تدارك نيروهاى كمكى بود تا با پيشروى سپاهيانش از كابل پاسخ مددخواهى سلطان حسين بايقرا را از هرات بدهد . با اينكه بابر در راه پيشروى خود خبر مرگ حسين بايقرا را شنيد ، ولى به پيشروى خود ادامه داد و پس از چهار ماه به مقصد رسيد . بابر در خاطرات خود از بديع الزمان و مظفر حسين و فرزندان سلطان متوفى نام مىبرد كه بر سر جانشينى با يكديگر در نزاع بودند ، آنان بىترديد نه تجربه‌اى در تشريفات دربارى داشتند و نه در قواعد و اصول جنگاورى . بابر با سنجش موقعيت نظامى كه نوميدكننده بود ، بدون درگيرى با محمد شيبانى