شكستهاى نهايى بود و بعدها چند حمله به شهر رى نتوانست وضعيت را تغيير دهد . بابر در پاسخ به فتح بلخ از سوى ابو سعيد در بهار سال 858 / 1454 ، از هرات به ماوراءالنهر هجوم آورد و سمرقند را محاصره كرد . روشن بود كه ابو سعيد فقط تحت فشار عبيدالله احرار نقشبندى توانست از عهده دفاع از شهر برآيد . امّا سرانجام اين دشمنىها با پذيرش سيحون به عنوان مرز طرفين به پايان رسيد . پيمان صلحى بسته شد كه تا مرگ بابر در سال 861 / 1457 معتبر بود . ابراهيم بن علاءالدوله ، محمود فرزند يازده ساله بابر و جانشين او را پس از چند هفته از هرات راند . باوجوداين خود ابراهيم در شعبان 861 / ژوئيه 1456 از رويارويى با ابو سعيد شكست خورد و ابو سعيد هم در پى ضميمه ساختن خراسان به متصرفات خود برآمد . با اين همه ابو سعيد نتوانست ارك هرات را مسخر سازد ، و لذا در بلخ به قشلاق پرداخت . درگيريهاى خانگى تيموريان ، جهانشاه را وسوسه كرد تا پس از پيروزى شگفت‌آورش در مركز ايران و نيز فارس و بين‌النهرين به سمت شرق لشكركشى كند . او در حالى كه گرگان را فتح كرده بود ، ابراهيم را در نبردى در نزديكى استرآباد شكست داد . شاهزاده شكست خورده تيمورى به هرات عقب نشست كه پدر او علاءالدوله همراه نيروهايش در آنجا به دو پيوست . با اين همه آنان نتوانستند در برابر جهانشاه پايدارى كنند و لذا شكست خوردند و جهانشاه ، سلطان قراقويونلو در 15 شعبان 862 / 28 ژوئن 1458 وارد هرات گرديد . پيربداق هم چهار ماه بعد با نيروهايش به هرات آمد تا نيروهاى تركمان را تقويت كند . اكنون جهانشاه در ارك پايتخت ارباب پيشين خود شاهرخ ، جايگزين و مستقر شده بود و لذا نام خود را در خطبه نماز جمعه وارد ساخت و سكه بنام خويش ضرب كرد . امّا چندى بعد روشن شد كه با پيشرفت به اين مكان دوردست ، خود را از پايتخت خويش دور ساخته است . او نيز با همان موانعى روبه‌رو شد كه تيموريان مواجه شده بودند ، يعنى كشمكش مداوم بر سر قدرت در بين اعضاى جاه‌طلب خويش ؛ جاه‌طلبيهايى كه براى او خطر مضاعفى داشت چون پايتخت او تبريز در نقطه دوردستى قرار گرفته بود . او كه با شورش پسر خود حسنعلى مواجه شده بود ( حسنعلى از قلعه ماكو كه در آنجا زندانى بود ، فرار كرده بود ) ، چاره‌اى جز بازگشت به آذربايجان نديد . ابوسعيد كه بىخبر از موقعيت تنگ رقيب خود نبود ، در مذاكراتى كه صورت گرفت از جهانشاه خواست تا همه متصرفات تيموريان را كه به دست او افتاده بود ، بدانان برگرداند . در نتيجه تمامى آن چيزى كه نصيب جهانشاه شد ، بازگشت به خراسان بود . حكومت و سلطه قراقويونلوها بر هرات چيزى جز يك واقعه كوتاه مدت در تاريخ تيموريان نبود ، جز اينكه نتايج مستقيمى با هدفهايى روشن در پى داشت . تركمانان ديگر عملياتى عليه آنان