ماوراء النهر را به توبره كشيد و سپاهش را به منطقه حوالى سمرقند سوق داد و به هركجا كه رسيد غارت كرد و به آتش كشيد . هنگامى كه الغ بيك هرات را به قصد سمرقند ( در اواخر سال 852 / اواخر 1448 ) ترك گفت و نعش پدرش را با خود برد ، مشكلات خراسان چندان حل و فصل نشده بود و ساير نواحى امپراتورى هم وضع چندان مساعدى نداشتند : در واقع او حتى نتوانست لشكركشى به ماوراء النهر را به تأخير بيندازد . در گام نخست ، لشكركشى ابو القاسم بابر تلفات سنگينى براى او در پى داشت ؛ سپس اوضاع بدتر شد و سپاهيان او در هنگام گذر از سيحون پيش از اينكه به مناطق قشلاقى خود در بخارا برسند ، لطمات زيادى از ازبكان متحمل شدند . خلاصه نكته گفتنى ديگر در نخستين مقطع كشمكشهاى جانشينى شاهرخ اين است كه دو سال پس از مرگ او هيچ نوع حكومت متمركزى تشكيل نشد و آنچه بازتاب يافت سه پارگى امپراتورى او بود . الغ بيك كه جانشين به حق پدرش به حساب مىآمد ، در فكر اين بود كه بار ديگر سمرقند را پايتخت تيموريان سازد ( مانند زمان جدش تيمور ) و خراسان را ركن واقعى امپراتورى خود قرار دهد و پس از آن سيطره خويش را از آنجا بر متصرفات شاهرخ گسترانيده و عملا حوزه اقتدارش را در ماوراء النهر توسعه دهد . براى تحقق بخشيدن به اين كار ، ابو القاسم بابر با تسخير مشهد و هرات قدرت او را در خراسان تثبيت و تأييد كرد و علاء الدوله هم پس از شكست ترناب ، نقشه لشكركشى به سمرقند را واگذاشت و به اجبار در جنوب غرب افغانستان به يك منطقه محدود راضى شد . او از اين منطقه توانست در سالهاى بعد در كشمكشهاى خراسان دخالت كند بدون اينكه هوده‌اى از اين كارها نصيب او شود . مركز ايران ( عراق عجم ) و فارس تحت اختيار سلطان محمد بن بايسنقر قرار گرفت كه يك زمانى پس از مرگ جدش از مخفيگاه خود در لرستان سر بيرون آورده و نقش مهمى در كشمكشهاى جانشينى ايفاء كرده بود . سرانجام با شرايط و مقتضيات جديد چيرگى تيموريان بر امارت‌نشين تركمانان قراقويونلو تحت رهبرى جهانشاه در شمال غرب ايران و شرق آناتولى ( كه شاهرخ طى سه لشكركشى تأمين كرده بود ) عملا بىمعنى و بىارزش باقى ماند . اندكى به درازا نينجاميد كه نقشه‌هاى توسعه‌طلبانه جهانشاه به زيان تيموريان از قوه به فعل درآمد . الغ بيك در بهار سال 853 / 1449 ديگر فرصت آن را نداشت تا بار ديگر خراسان را به اطاعت خود درآورد ؛ چون روابط تيره او با عبد اللطيف كه در بلخ حكومت مىكرد باعث طغيان او در اين وضعيت بحرانى گرديد . الغ بيك در هنگام اقامت در هرات بارها پسرش را در مورد دخالت در امر نقشه انتقال پايتخت مورد سرزنش قرار داد . زمانى كه پدرش هرات را ترك گفت ، خشم فرو خفته او