تصميمات حكومت دعوت مىكردند ، ايستاد و در برابر جعليات و اسرائيليات نيز به مدد آموزه‌هاى ناب اسلامى ، براى بازشناسى آنها به تدوين اصول پرداخت . حضرت در مقابل گروه‌هاى تندرو نيز كه امامت شيعى را صرفاً متكى بر شمشير مىدانستند و گمراهانى كه براى خلاص و نجات مردم از تنگناها با تمسك دروغين به مهدويت جنبش‌هايى به راه انداخته بودند ، به نفى همه آنها پرداخت . امام عليه السلام با صراحت در برابر عالمان و فقيهان متملق و دين‌فروش نيز كه به حكومت ظلم تكيه كرده بودند و همچنين صوفىمسلكان و متحجرانى كه انزواطلبى را ترويج مىكردند ، موضع گرفت و به نقد و سرزنش آنان پرداخت . بنابراين امام باقر عليه السلام به سبب نياز و ضرورت در عرصه علمى و فرهنگى فعالانه مجاهده كرد ؛ آن هم با تكيه بر روش و اصول تقيه براى احياى انديشه و تفكر اسلامى و هويت‌بخشى به فرهنگ شيعى . مواضع سياسى امام عليه السلام و برخورد حكومت امام عليه السلام پيش‌گرفتن اصل تقيه - به‌عنوان سپر امنى براى شيعيان و رهبران آنان - و با توجه به تندروى و اعتراضاتى كه در ميان بخشى از شيعيان در حال شكل‌گيرى بود و از سويى با عنايت نوع عمل و رفتار حكومت‌ها ، مواضع و عمل سياسى خود را با اصل عدم‌مشروعيت حاكميت ، حفظ اساس اسلام و شيعه و دفاع عقلانى از انديشه اسلامى به پيش بُرد . هيچ‌گاه در مقابل حكومت و مظالم آنها سكوت نكرد . او با تبيين خط امامت كه در مقابل انديشه خلافت قرار داشت ، مشروعيت حاكميت را زير سؤال برد ؛ چنان كه خطاب به يكى از ياران نزديكش محمد بن مسلم فرمود : اى محمد ! هر كس از اين امت ، بدون امامى آشكار و عادل و منصوب از جانب خدا ، به سر برد ، گمراه شده و به سرگردانى و تحير مىافتد و اگر در اين حال بميرد ، در حال كفر و نفاق مرده است . اى محمد ! سردمداران جور و ستم و پيروانشان از دين خدا منحرف شده و خود به ضلالت افتاده و ديگران را به راه ضلالت مىكشانند و كارهايى كه انجام مىدهند ، به خاكسترى مىماند كه در روز طوفانى بادى شديد بر آن وزيده باشد و از آنچه انجام داده‌اند ، چيزى دستگيرشان نمىشود و اين جز گمراهى دوركنندهء از حق ، چيز ديگرى نيست . « 1 »

--> ( 1 ) . رسول جعفريان ، حيات فكرى و سياسى امامان شيعه عليهم السلام ، ص 318 .