الأول يدرسون التاريخ الطبيعي والنبات والفيزياء والكيمياء مخالفين بذلك أحكام البرامج الدراسية المقررة 51 . وفي عام 1863 تولى الدكتور محمد علي البقلي إدارة المدرسة فاستطاع بإخلاصه ومقدرته الإدارية والعلمية أن يقوم بإصلاحات كبيرة في المدرسة ، إذ أصبح التدريس يتم باللغة العربية الفصحى من قبل أساتذة مصريين تابعوا دراسات اختصاصية في أوروبا ، أي بدون مترجمين ، ولم يبق في المدرسة آنذاك إلا أستاذ فرنسي واحد لتدريس العلوم الصيدلية هو الدكتور جاستنيل بك 52 . وتفيد التقارير أن المدرسة كان فيها عام 1867 خمسة وسبعون طالبا يتلقون الغداء ويأخذون مرتبات من الدولة 53 . وفي عام 1876 كان في المدرسة 18 أستاذا مصريا ، ومائة وخمسة وتسعون تلميذا منهم 175 طالبا يدرسون لصالح العمل في القوى المسلحة والمصالح الصحية الرسمية . وكان العشرون الباقون يدرسون لحسابهم الخاص ويدفعون أجور التدريس ، ويحق لهم ممارسة مهنتهم بشكل حر إذا شاءوا 54 . وفي أواخر عام 1875 م ( أو أوائل 1876 م ) استقال الدكتور محمد علي البقلي مدير المدرسة ، وذلك بعد خلاف بينه وبين وزير الثقافة علي مبارك ، وأول مدير للمدرسة أتى بعد البقلي هو الطبيب غايلاردوت بك Gaillardot وكان ذلك في آذار من عام 1879 . ولكن المدير الجديد لم يستطع أن يغير شيئا من سلبيات المدرسة ، ولا من أوضاعها 55 . ج . المدرسة في الفترة : 1882 - 1918 م : تبدأ هذه الفترة مع بداية الاحتلال البريطاني لمصر ، ولما كانت مهمات مستشفى قصر العيني متداخلة ومتكاملة مع مهمات المدرسة الطبية . فإننا سنذكرهما معا في دراستنا لهذه الفترة .