الدفعة الأولى من الأطباء الخريجين : في عام 1871 تخرجت الدفعة الأولى من الأطباء ، وكان عددهم ستة من أصل تسعة طلاب تقدموا للفحص النهائي والناجحون هم : رشيد شكر اللّه * من بلدة بعبدا شبلي شميل * من كفر شيما سليم دياب * من طرابلس ناصر حاتم * من حمانا سليم فريج * من بيروت يوسف حجار * من بمكين 19 وأما أول صيدلاني تخرج فقد كان في عام 1875 م 20 . إلا أن الكلية واجهت مشكلة شائكة فيما يتعلق بخريجيها من الأطباء والصيادلة ذلك أن السلطة الوحيدة في الإمبراطورية العثمانية ، والتي كان لها الحق آنذاك بمنح الشهادات للأطباء والصيادلة ، كانت الكلية الطبية الشاهانية التي أسست في القسطنطينية عام 1827 م . وهكذا فإن الدفعة الأولى من أطباء الكلية السورية البروتستانتية في بيروت المتخرجين عام 1871 م ، لم تعترف الدولة بالشهادات المعطاة لهم ، وأصرت على أن يعاد امتحانهم في القسطنطينية . وقد تدخلت البعثة القنصلية الأميركية في القسطنطينية ، في محاولة لإعفاء خريجي مدرستها الطبية من هذا الامتحان ولكن دون جدوى ، واستمر هذا الوضع إلى مطلع القرن العشرين 21 . وفي عام 1903 ، أدى تدخل الرئيس الأميركي تيودور روزفلت لدى السلطان العثماني عبد الحميد الثاني ، إلى قبول السلطات العثمانية إيفاد لجنة فاحصة تركية من إسطنبول إلى بيروت كل عام ، لفحص طلاب السنة النهائية من مدرستي الطب والصيدلة بالكلية السورية البروتستانتية . إن مثل هذه الميزة ، سبق أن منحت لطلاب مدرسة الطب والصيدلة في الكلية اليسوعية الفرنسية في بيروت قبل ذلك بعدة سنوات 22 .