على الدعوة لعمه جعفر بحجة انه الوريث الوحيد لأبيه وأخيه ، في حين ان جعفر بن علي لم يكن يجهل وجود الإمام وحتى أن الحاكمين كانوا يعرفون ذلك ، ولكن اللّه سبحانه كان لهم بالمرصاد فأحبط جميع مخططاتهم ورد الذين كفروا بغيظهم لم ينالوا شيئا ، ورجع إليه شيعة آبائه وظلوا على اتصال به خلال الغيبة الصغرى بواسطة سفرائه ووكلائه كما تؤكد ذلك عشرات المرويات .
ولجعفر بن علي الهادي ولدان أحدهما يدعى محسن بن جعفر ، قتله جماعة من الاعراب في بعض المقاطعات التابعة لدمشق ، وادعى قاتله بأنه خرج على السلطان ، فحمل رأسه إلى بغداد وصلب على الجسر فيها كما جاء في الكنى والألقاب للقمي .
والثاني يدعى عيسى وكان عالما فاضلا كما يصفه القمي وقد سمع الحديث منه هارون من موسى التلعكبري واستجازه فأجازه وله الأبيات التالية :
يا بني احمد أناديكم اليوم * وأنتم غدا لرد جوابي
الف باب أعطيتم ثم افضى * كل باب منها إلى الف باب
لكم الأمر كله وإليكم * ولديكم يؤول فصل الخطاب