با اين سرمايه بزرگ ونبوغ فوقالعاده ، شيخ طوسي بيش از پنجاه عنوان كتاب به رشته تحرير درآورد كه احتمالا در جريان حريق خانهاش وهجرت به نجف اشرف بعضي از اين سرمايههاى عالم اسلام را ، مشتاقان فضيلت براي هميشه از دست دادند .
فهرست موضوعي كتابهاى شيخ
الف : أصول اعتقاد وكلام
1 ) أصول العقايد ؛ اين كتاب از توحيد بحث كرده وقسمتى از مسئله عدل را نوشته است .
2 ) الاقتصاد الهادي إلى طريق الرشاد فيما يجب على العباد من أصول العقايد والعبادات الشرعية .
3 ) تلخيص الشافي ؛ خلاصه كتاب « شافى » اثر سيّد مرتضى كه در دفاع از امامت وولايت نوشته است .
4 ) الغيبة ؛ كتاب حاضر كه به درخواست يكى از بزرگان شيعه نوشته است .
5 ) الكافي ، في علم الكلام .
6 ) المفصح ؛ در بحث امامت بوده وظاهرا تاكنون چاپ نشده است .
7 ) المسائل في الفرق بين النبي والامام .
8 ) ما لا يسع المكلف الإخلال به .
9 ) ما يعلل وما لا يعلل .
10 ) مقدّمة في المدخل إلى علم الكلام ؛ شيخ در فهرست دربارهء اين كتاب آورده :
مانندش تأليف نشده است .
11 ) النقض على ابن شاذان في مسألة الغار .
12 ) تمهيد الأصول يا التمهيد في الأصول ؛ شرح كلام « جمل العلم والعمل » سيّد مرتضى رحمه اللّه .