مدرسهء گوهرشاد بيگم منصوب گشت و او همچنان به لوازم افاده و تدريس مشغول بود تا آنكه شاه اسماعيل صفوى ، خراسان را تسخير كرد . پس از آن ، كار سيد امير نظام بالا گرفت و فرمانداران خراسان ازهرجهت رعايت حال او را مىنمودند و ازآنپس كه سيد سعيد شهيد امير غياث الدّين محمد بن امير يوسف از پست قضاوت خراسان استعفا كرد ، آن جناب متعهد منصب قضاوت شد و چندين سال با كمال استقلال بر كرسى قضاوت تكيه زد و هماكنون كه سال 930 هجرى مصادف با سال درگذشت شاه اسماعيل صفوى مىباشد بر آن مسند تكيه دارد و همچنان با كمال استقلال به قضاوت مشغول است .
سيد امير نظام در شهر هرات زندگى مىكند و در كمال عزت و احترام به سر مىبرد و به نشر مسائل علوم دينيه و روشن ساختن پوشيدگيهاى معارف يقينيه اشتغال مىورزد و در واقع او در اين روزگار به مزيد علم و دانش بر اكثر سرشناسان خراسان برترى پيدا كرده است و به نوك قلم و زبان به اظهار انواع حقايق و دقايق علوم مىپردازد و چرخ كارهاى قضاوت شرعى و فتاواى دينى بر محور او به حركت درمىآيد .
ليس كلامى يفى بنعت كماله * صلّ الهى على النّبى و آله
كلامم كجا بر كمالش وفا * كند تا كنم مدح آن مقتدا
به وصفش همين بس كه گويم ز جان * به احمد و آلش درود خدا
مؤلف گويد : گويند پس از آنكه شيخ على كركى رحلت كرد ، امير نظام الدّين به ملاقات شاه اسماعيل صفوى رفت و از وى رياست علما و مجتهدان را - كه شيخ على كركى به عهده داشت - درخواست كرد ؛ او نپذيرفت و اظهار داشت : مىخواهم مجتهدى از جبل عامل جايگزين او باشد .
امير نظام الدّين به سن هفتادسالگى در كرمان درگذشت و شرح حال پدر و فرزندش را كه از مشاهير علما بودهاند خواهيم نگاشت و در ذيل نام سيد امير عبد الحى بن عبد الوهاب حسينى استرآبادى خواهيم گفت كه وى با مترجم حاضر يكى است .
و من در اردوباد ، ترجمهء فارسى كتاب مكارم الاخلاق طبرسى را كه به قلم وى تأليف شده است به خط شريفش ديدهام و خطش نيكو بود .