وزارت نامزد شد ، و همچنين تا هنگام رحلتش بدين مقام برقرار بود ، تا وفات يافت و نزديك زمان ما در اوايل حكومت سلطان مذكور بود ، و پس از درگذشت وى جنازهء او را به نجف اشرف حمل كرده ، و در آنجا مدفون ساختند ، قبرش معروف است و پدرش از فضلاى عهد خودش بوده است .
خليفه سلطان ، مطالب علمى را در شئون مختلف ، از گروهى از اعلام ، از جمله پدرش ميرزا رفيع الدّين ، و شيخ بهايى فراگرفت ، و از شيخ به اخذ اجازه نائل آمد ، و ديگرى ملا سلطان حسين يزدى ندوشنى و نيز از ملا حاج محمود رنانى استفاده كرده است .
وزير خليفه سلطان ، شريك درس ملا خليل قزوينى بود ، و حاشيهاى چند ، بر شرح لمعه دارد .
خليفه سلطان ، فرزندان و نوادگان پسر و دختر داشته ، و همهء فرزندان او ، با آنكه از كودكى به امر شاه صفى ، يا شاهعباس كبير كور شدهاند ، از فضلا و علماى روزگار خود بودهاند .
هامش
تاريخ بر كتيبه آن عمارت نقش شد ، در آثار ملى اصفهان اشعار آن كتيبه را نوشته ، و شايد ندانسته سراينده آن كيست :بعهد شهنشاه عباس ثانى * كه عهدش جهان كرد پير جهان را
بنا كرد از فيض لطف الهى * بنايى كه شد رشك نه سقف مينا
ز بس رفعتش بر سپهر كواكب * نمايد چو ريگ ته جو ثريا
كواكب چو گلهاى باغش نمايان * مجره در او همچو جويى است پيدا
كند سالها اندر آن كامرانى * بود قرنها سجدهگاه برايا
مبارك بود زان كه تاريخ آن شد * ( مباركترين بناهاى دنيا )