وقد صرحت الروايات والنصوص بميزات كانت لمصحف علي « عليه السلام » ، فقد قال المفيد « رحمه الله » وغيره : إن علياً كتب في مصحفه تأويل بعض الآيات ، وتفسيرها بالتفصيل ( 1 ) . وقال هذا الشيخ الجليل حول المصحف الموجود ، ومقايسته بمصحف أمير المؤمنين « عليه السلام » . « . . ولكن حذف ما كان مثبتاً في مصحف أمير المؤمنين « عليه السلام » ، من تأويله ، وتفسير معانيه ، على حقيقة تنزيله . وذلك كان ثابتاً ، منزلاً ، وإن لم يكن من جملة كلام الله تعالى ، الذي هو القرآن المعجز ، وقد سمي تأويل القرآن قراناً . قال تعالى : * ( وَلاَ تَعْجَلْ بِالقرآن مِنْ قَبْلِ أَنْ يُقْضَى إِلَيْكَ وَحْيُهُ وَقُلْ رَبِّ زِدْنِي عِلْماً ) * ( 2 ) ؛ فسمى تأويل القرآن قرآناً » ( 3 ) . وقال المفيد أيضاً : قدم المكي على المدني ، والمنسوخ على الناسخ ، ووضع كل شيء منه في محله ( 4 ) .