كه پس از بر افتادن عبد السلام كومى به اين مقام برگزيده شده بود و در سال 555 او را از افريقيه فراخوانده بود و ابو يعلى بن جامع با او امور وزارت را حل و فصل مىكرد ، و در اين حال ببود تا عبد المؤمن هلاك شد و ابو حفص عمر براى برادر خود ابو يعقوب بيعت گرفت . سپس السيد ابو الحسن صاحب فاس پس از وفات پدرش عبد المؤمن به هلاكت رسيد و السيد ابو محمد صاحب بجايه در راه كه به حضرت مىآمد درگذشت . ابو يعقوب يوسف ، السيد ابو سعيد را در سال 560 از غرناطه بخواند و بيامد و السيد ابو حفص در سبته با او ديدار كرد .
خليفه ابو يعقوب برادر خود ابو حفص را با او و سپاه موحدين به اندلس فرستاد ، زيرا خبر يافته بود كه ابن مردنيش پس از آنكه قبايل عرب زغبه و رياح و اثبج بر او گرد آمدهاند ، آهنگ قرطبه دارد . سپاه موحدين از دريا گذشت و قصد ابن مردنيش نمود . ابن مردنيش سپاهيان خود و ياران مسيحيش را گرد آورده بود . سپاه موحدين با ايشان در دشت مرسيه مصاف داد . ابن مردنيش و يارانش شكست خوردند . ابن مردنيش خود به مرسيه گريخت موحدين از پى او به مرسيه رفتند و سراسر اراضيش را زير پى سپردند . السيد ابو حفص و برادرش ابو سعيد ، به سال 561 به مراكش بازگشتند و آتش فتنهء ابن مردنيش خاموش شد . خليفه ، برادر خود ابو زكريا را امارت بجايه داد و شيخ ابو عبد اللّه بن ابراهيم را منشور امارت اشبيليه سپس اشبيليه را به السيد ابو ابراهيم سپرد . و شيخ ابو عبد اللّه را در همان مقام وزارتش باقى گذاشت . آنگاه امارت قرطبه را به السيد ابو اسحاق داد و السيد ابو سعيد را بر غرناطه نهاد .
موحدين مىخواستند بر سر نامههاى خود علامتى بگذارند به خط خليفه ، پس عبارت « الحمد للّه وحده » را برگزيدند ، زيرا نامههايى از امام مهدى در دست داشتند كه اين علامت را در مخاطبات خود به كار برده بود . از آن پس تا پايان دولتشان علامتشان همين بود .
آشوب در غماره
در سال 562 امير ابو يعقوب يوسف به سوى جبال غماره حركت كرد ، زيرا سبع بن منغفاد ، يكى از مردم آن سامان ، در آنجا آشوبى برانگيخته بود . همسايگانش صنهاجه نيز در اين آشوب او را يارى مىدادند . امير ابو يعقوب سپاه موحدين را زير فرمان شيخ ابو حفص به غماره فرستاد .
چون آشوب غماره و صنهاجه بالا گرفت خود به تن خويش نهضت نمود و آشوبگران را سركوب كرد و از بن بر كند و سبع بن منغفاد را بكشت و مادهء آن فتنه قطع كرد . آنگاه برادر خود السيد ابو على حسن را بر سبته و ديگر بلادشان فرمانروايى داد . در سال 563 موحدين گرد آمدند و تجديد بيعت كردند و او را امير المؤمنين لقب دادند . امير ابو يعقوب يوسف ، عربهايى را كه در افريقيه بودند به غزو فراخواند و بر انگيخت و در اين باب قصيدهاى و نامهاى به ايشان فرستاد كه در ميان مردم مشهور است . نيز اجابت كردن و رسيدن آنان و وفودشان نيز واقعهاى معروف است .