رحلت ، در قبرستان سنبلستان دفن شده است . بعدها به دستور شاه سلطان حسين صفوى ، آخرين پادشاه صفويه ، گنبد و رواق و ضريحى مجلل براى اسماعيل ساخته شد . كتيبه سر در صحن امامزاده ، به خط ثلث سفيد بر زمينه كاشى خشت لاجوردى چنين است : « . . . هذه القبر للسيد الجليل اسماعيل بن حسن بن زيد ابن حسن بن على بن ابيطالب ( ع ) . . . » . بر پنجره چوبى مشرف به كوچه ، كه بالاى سر امامزاده است ، كتيبهاى هست كه بر آن به خط نسخ نوشته شده : « اسماعيل بن زيد بن حسن بن على ابن ابىطالب ( ع ) » .
قبر امامزاده اسماعيل واقع در خيابان هاتف داراى بقعه ، حرم ، صحن و حجرات بسيار مجلل است كه از گذشته تاكنون ، محل سكونت طلاب علوم دينى مىباشد .
فرزندان اسماعيل بن ابراهيم الغمر
اسماعيل ديباج دو فرزند پسر و يك دختر داشت . حسن ، ابراهيم و اماسحاق .
پسران اسماعيل ديباج در نهضت شهيد فخ شركت داشتند و ابراهيم طباطبا از آن حادثه جان سالم به در برد . آنها پس از ماجراى فخ ، در قرن دوم هجرى از حجاز به سوى ايران هجرت كردند و در آنجا ساكن شدند .