الف - نسخ موجود در ايران :
1 - نسخهء خطى موجود در كتابخانهء مركزى دانشگاه تهران كه به شماره 3025 ثبت شده است .
2 - نسخهء خطى كتابخانهء مجلس كه جزو ديوان اسيرى است و ناقص است . ( به شماره 1187 ) .
3 - نسخهء كتابخانهء ملى ملك كه به شمارهء 4841 ثبت شده است .
4 - نسخهء اول كتابخانهء مدرسهء عالى شهيد مطهرى ( سپهسالار ) به شمارهء 7076 .
5 - نسخهء دوم كتابخانهء مدرسهء سپهسالار . ( شمارهء كتابخانه 246 ) .
ب : نسخ موجود در پاكستان :
1 - نسخهء موجود در ايالت بلتستان پاكستان كه نزد غلامحسن برق چهن است . اين نسخه به خط نستعليق پخته تحرير شده و مربوط به سدهء نه يا ده است . اگر اين تخمين صحيح باشد اين نسخه قديمىترين نسخهء موجود اسرار الشهود است كه بدست ما رسيده است . اين نسخه داراى 251 صفحه و هر صفحه 13 سطر دارد .
2 - شيخوپوره ، سرميدانى ، گنجينهء ضياء العلوم : نستعليق شكستهآميز ، سيد محمد شاه ، ذيقعده 1207 ه ق . به نام مصباح الهدايه است ، 183 ص .
3 - حيدرآباد ، درگاه شريف ، كتابخانهء عاليهء علميه ، پير سيد محب اللّه شاه راشدى : نستعليق حافظ سيد محمد شاه ، 12 ذيقعده 1207 ه . پيرامون 3100 بيت است . نسخه بنام « مصباح الهدايه » است ، 183 ص .
4 - لاهور ، دانشگاه پنجاب به شماره 1583 : شكستهآميز ، سدهء 13 ه . آغاز افتاده . 183 گ .
5 - « سرگودها ، ساهيوال » ، مكتبهء سليمانيه : نستعليق ، محمد ناصر بن