چگونگى در گذشت و محلّ دفن او را مخاطب ذكر كرده‌اند ؛ در پاره‌اى مآخذ آمده است كه وى به هنگام هجرت به ايران به دست عوامل مأمون به شهادت رسيد . « 1 » محل دفن او بين اصطخر شيراز ، سيرجان ، تبريز ، رى و قم مردد است . بنابر نقل نجاشى زمانى كه حضرت عبدالعظيم در دى بود پنهانى به زيارت قبرى مىرفت - كه هم اكنون در نزديكى قبر اوست - و مىگفت : اين قبر مردى از فرزندان موسى بن جعفر 0 ع ) است . « 2 » علّامه مجلسى نيز اين احتمال را تقويت كرده است . « 3 » ولى صاحب مجدى قبر او را در اصطخر شيراز مىداند . « 4 » « ابن عنبه » قبرى را كه در شيراز است متعلق به فرزندش « على بن حمزه » مىداند و از « لبّ الانساب » نقل مىكند كه قبر حمزه در سيرجان است . « 5 » در قم نيز مزارى است كه به « شاهزاده حمزه » معروف است و ظاهر سخن صاحب تاريخ قم اين است كه اين بزرگوار همان حمزة بن موسى عليه السلام است . « 6 »

در ميان دختران موسى بن جعفر عليه السلام فاطمه كبرى معروف به « فاطمهء معصومه » عليه السلام از همه برتر ، بزرگوارتر و با فضيلت‌تر است . برخى از مورخان چهار نفر از دختران موسى بن جعفر عليه السلام را با نام « فاطمه » ياد كرده‌اند : فاطمهء كبرى ، فاطمهء وسطى ، فاطمهء صغرى و فاطمه . « 7 » فاطمه صغرى ، مشهور به « بى بى هيبت » در آذربايجان شوروى در جنوب بادكوبه مدفون است . « 8 » فاطمه وسطى - بنا به نقلى - در اصفهان دفن شده است . « 9 » قبر