در دوران امامت پيشواى هفتم ( ع ) بجز بيت امامت ، از سوى دستگاه خلافت عباسى نيز گاهى با بعضى جناحهاى فكرى مثل ملحدان و زنديقيان مبارزه مىشد . اين مبارزه در دوران خلافت مهدى و هادى عباسى ابعاد گسترده‌ترى يافت و گروه زيادى به اتهام الحاد و زندقه گرايى به قتل رسيده يا به زندان افكنده شدند . « 1 » ليكن مبارزه موسىبن جعفر با منحرفان ، هم در روش با مبارزه خلفا تفاوت داشت و هم در انگيزه و هدف . هدف اساسى خلفا از مبارزه با ملحدان صرفاً سياسى بود و در راستاى سياستهاى حكومتى آنان قرار داشت ؛ از اين رو ، بسيارى از افراد كه از سوى حكمرانان به كفر و زندقه متّهم مىشدند در واقع زنديق نبودند ؛ ولى از آنجا كه وجودشان خطرى براى دستگاه خلافت به شمار مىآمد متهم به الحاد شده به قتل مىرسيدند و يا زندانى مىگشتند . خلفا اتهام زنديق بودن را وسيله‌اى براى اعمال فشار بر مخالفان حكومت خود بويژه علويان ، قرار داده بودند ؛ از اين‌رو ، هر كس از دستورات آنان سرپيچى مىكرد و عدالت و اسلامى بودن حكومت ايشان را زير سؤال مىبرد ، از سوى آنان متهم به الحاد مىشد . به عنوان نمونه : شريك‌بن عبداللَّه قاضى از جمله كسانى بود كه معتقد بود نمىشود در نماز به مهدى اقتدا كرد . مهدى او را احضار كرد و مورد عتاب قرار داد و گفت : اى زنازاده . . . شريك پاسخ داد : مادرم اهل روزه و نماز بود . خليفه ناچار تهمت زندقه به او زد و گفت : اى زنديق ، تو را خواهم كشت ! شريك خنديد و با خونسردى گفت : زنديقيان نشانه‌هايى دارند كه بدان شناخته مىشوند ، مثل نوشيدن شراب و به كارگيرى زنان رقاصه و خواننده . مهدى كه پاسخى نداشت ناگزير او را رها كرد . « 2 » روشى را كه خلفا براى مبارزه با ملحدان برگزيده بودند ، زور و سرنيزه بود . علت انتخاب اين روش اين بود كه اوّلًا آنها اهل منطق و استدلال نبودند و كمترين