درگذشت و در كنار قبر مرحوم آية اللّه حائرى در حرم حضرت معصومه عليها السّلام در قم به خاك سپرده شد .
فرزند آيت اللّه العظمى گلپايگانى قدّس سرّه :
1 - حجة الاسلام و المسلمين آقاى سيد محمد جواد گلپايگانى ، ايشان پس از تحصيلات علوم دينى در حوزه علميه نجف به قم مراجعت نموده و تنظيم امور بيت پدر بزرگوارشان را به عهده مىگيرند وى داماد آيت اللّه سيد نصر اللّه موسوى مستبط است .
2 - مرحوم حجة الاسلام و المسلمين آقاى حاج سيد مهدى گلپايگانى ، وى در هفدهم شعبان 1358 ه ق به دنيا آمد و پس از فراگيرى علوم حوزوى ، به دليل ديد وسيع فكرى و احساس مسئوليت در كشورهاى مختلف جهان فعاليتهاى گوناگونى آغاز نمود ، مؤسسات بسيارى را سامان داد ، ايشان كه در حادثه دلخراش زلزله طبس در روز جمعه 25 شهريور 1357 ه ش در تصادفى مبهم از دنيا مىرود ، داراى پشتكار و اراده استوار ، و به زبانهاى عربى و انگليسى مسلط بوده است ، در بزرگداشت مجلس ايشان شخصيتهاى مختلف از جمله حضرت امام قدّس سرّه شركت داشتهاند و پيامهاى و تلگرامهاى بسيارى انتشار يافته است ، ايشان داماد مرحوم آيت اللّه سيد جعفر احمدى طباطبايى بود .