پس از هجرت ميرزا به سامرا شيخ محمّد كاظم هم با او به سامرا رفت ولى پس از مدّتى اندك ، به دستور مرحوم ميرزا براى ادارهء حوزهء نجف به نجف بازگشت و درس شروع كرد و از اين تاريخ روز به روز شهرت علمى او افزوده شد .
ضمنا آقاى آخوند از محضر درس آقا سيد على شوشترى ( متوفاى 1283 ) و شيخ راضى ( متوفاى 1290 ) و سيّد مهدى قزوينى ( متوفاى 1300 ) هم استفاده كرده است .
شاگردان او
مرحوم آقاى آخوند در مسجد طوسى تدريس مىكرد و عدد شاگردان او را هزار تا سه هزار نفر گفتهاند كه اغلب آنها از افاضل بودند و نام سيصد و ده نفر از آنان در كتاب « المصلح المجاهد » ياد شده است و ما در اينجا چند نفر از آنان را ياد مىكنيم :
آيات اللّه العظام :
1 - آقا ميرزا ابو الحسن مشكينى صاحب حاشيه بر كفاية الاصول ، متوفّاى 1358 ه . ق .
2 - آقا سيد ابو الحسن اصفهانى كه از مراجع بزرگ تقليد شيعه بود ، متوفّاى 1365 .
3 - آقا سيد ابو القاسم كاشانى همان مجاهد معروف ، متوفّاى 1381 .
4 - آقا سيد جمال الدّين گلپايگانى يكى از مراجع تقليد ، متوفّاى 1377 .
5 - آقا شيخ محمّد جواد بلاغى ، صاحب تأليفات فراوان ، متوفّاى 1352 .
6 - حاج آقا حسين قمى ، از مراجع تقليد شيعه ، متوفّاى 1366 .
7 - حاج آقا حسين بروجردى ، از مراجع بزرگ تقليد شيعه ، متوفاى 1380 .
8 - آقا شيخ عبد الحسين رشتى صاحب حاشيه بر كفاية الاصول ، متوفّاى 1373 .
9 - آقا سيّد عبد الحسين شرف الدّين ، صاحب تأليفات فراوان ، متوفّاى 1377 .
10 - آقا شيخ عبد الكريم يزدى حائرى مؤسس حوزهء علميّهء قم ، متوفّاى 1355 .
11 - آقا سيد عبد الهادى شيرازى از مراجع تقليد شيعه ، متوفّاى 1382 .
12 - آقا شيخ محمّد حسين نائينى از مراجع تقليد شيعه ، متوفّاى 1355 .
13 - آقا سيد محمود شاهرودى از مراجع تقليد شيعه .